《庄子》“内篇”
《庄子·人间世》：
“是万物所化也，禹、舜应物之所纽也，伏羲、几蘧之所行终，而况散焉者乎！”
【译文】
这就是万物的变化，是禹和舜所把握的要领，也是伏羲、几蘧（几蘧qu是何许人，至今不得而知）所遵循始终的道理，何况普通的人呢！”
庄子在这里将伏羲列在禹、舜之后。

《庄子·大宗师》：
“夫道，有情有信，无为无形，可传而不可受，可得而不可见；自本自根，未有天地，自古以固存；神鬼神帝，生天生地；在太极之先而不为高，在六极之下而不为深，先天地生而不为久，长于上古而不为老。狶韦氏得之，以挈天地；伏戏氏得之，以袭地母；维斗得之，终古不忒；日月得之，终古不息；堪坏得之，以袭昆仑；冯夷得之，以游大川；肩吾得之，以处大山；黄帝得之，以登云天；颛顼得之，以处玄宫。”
【译文】
“道”是真实而又确凿可信的，然而它又是无为和无形的；“道”可以感知却不可以口授，可以领悟却不可以面见；“道”自身就是本、就是根，还未出现天地的远古时代“道”就已经存在；它引出鬼帝，产生天地；它在太极之上却并不算高，它在六极之下不算深，它先于天地存在还不算久，它长于上古还不算老。狶韦氏得到它，用来统驭天地；伏羲氏得到它，用来调合元气；北斗星得到它，永远不会改变方位；太阳和月亮得到它，永远不停息地运行；堪坏得到它，用来入主昆仑山；冯夷得到它，用来巡游大江大河；肩吾得到它，用来驻守泰山；黄帝得到它，用来登上云天；颛顼得到它，用来居处玄宫；
这里是说“道”体无形、功用无限，狶韦氏运用“道”来整顿天地，伏羲氏运用“道”来调和元气。此段人神相杂，星月并现，十分混乱，这至少说明伏羲在这里尚未从神话脱形为人祖。

《庄子》“外篇”：
《庄子·胠箧》中记载：
“子独不知至德之世乎？昔者容成氏、大庭氏、伯皇氏、中央氏、栗陆氏、骊畜氏、轩辕氏、赫胥氏、尊卢氏、祝融氏、伏犠氏、神农氏，当是时也，民结绳而用之，甘其食，美其服，乐其俗，安其居，邻国相望，鸡狗之音相闻，民至老死而不相往来。若此之时，则至治已。”
【译文】
你唯独不知道那盛德的时代吗？从前容成氏、大庭氏、伯皇氏、中央氏、栗陆氏、骊畜氏、轩辕氏、赫胥氏、尊卢氏、祝融氏、伏牺氏、神农氏，在那个时代，人民靠结绳的办法记事，把粗疏的饭菜认作美味，把朴素的衣衫认作美服，把纯厚的风俗认作欢乐，把简陋的居所认作安适，邻近的国家相互观望，鸡狗之声相互听闻，百姓直至老死也互不往来。像这样的时代，就可说是真正的太平治世了。
这段记载伏羲位列轩辕黄帝之后，神农之前。
《庄子·缮性》中记载：
“古之人，在混芒之中(1)，与一世而得澹漠焉(2)。当是时也，阴阳和静，鬼神不扰，四时得节(3)，万物不伤，群生不夭，人虽有知，无所用之，此之谓至一(4)。当是时也，莫之为而常自然。逮德下衰，及燧人、伏羲始为天下，是故顺而不一；德又下衰，及神农、黄帝始为天下，是故安而不顺。”

《庄子·田子方》中记载：
仲尼闻之曰：“古之真人，知者不得说，美人不得滥，盗人不得窃，伏戏、黄帝不得友。”
【译文】
孔子听到这件事，说：“古时候的真人，最有智慧的人不能说服他，最美的女人不能使他淫乱，强盗不能够抢劫他，就是伏羲和黄帝也无法跟他结为朋友。
在这两段中，伏羲在古帝中的排位，颇近于后世所列。《庄子》一书之中，伏羲名号有三种写法，或记为“伏羲”、或记为“伏犠”、“伏戏”，前后不统一；身份混乱，或人或神；在古帝王中序列不定，或在禹、舜、黄帝之后，或在其前，地位渐次升高。这说明在庄子时期，伏羲尚在传说和创造过程中，是一个尚未定型的人物。

山海经里的伏羲叫浮戏，凫傒等。