移植前的感染筛查，是重要的评估环节。应评价过去是否有感染，以及现在是否有潜在的感染。通常，至少应当筛查巨细胞病毒、EB病毒、乙肝病毒、人类免疫缺陷病毒、梅毒、结核等。
如果存在现症的感染，应当抗感染好转之后，再采集造血干细胞。否则，移植过程中可能因为潜在的病原体激活，造成严重的感染。
移植期间，由于大剂量化疗药物的使用，患者的肌体是十分脆弱的，免疫力接近于零。这时候，微弱的病原体就可能造成不可控制的感染并发症，不容小觑。