起因就是将军家跟三管领家同时出现了继承人问题，导致各自站队，而且打到后面这个原因也无所谓了

有个脑子不清楚的将军老年得子要换继承人 手下各个山头各自利用新旧继承人争夺拥立新将军的话语权

将军家和三管领家（约等于中国的亲王）集中在一个时期出现继承人纠纷，然后各家争位的儿子们开始拉帮结派，带外兵入京，然后就开始无限制格斗大赛了

说白了就是中央王位争端，权臣拉帮结派，然后文斗变武斗，从中央斗到地方，最终局势失控，进入战国乱世。光就动乱本身而言，参与方没有赢家，赢家是那些趁机坐大的地方军阀。

应仁之乱里继承人战争只是导火索，真正的核心原因是权力斗争。
最开始三管四职，是权力平分，哪怕就是有的家大，也不会大到特别离谱。但是在经过几任睿智将军们的治理下，三管独大在细川家，四职独大在山名家，两家在权力上互相掣肘，再加上幕府继承人的问题，导致两家的矛盾愈演愈烈，此时两家早就想干一下了，看看到底谁是老大，最终因为畠山家的继承人问题，爆发了应仁之乱

大河剧《花の乱》基本讲清楚了

表面上是皇太弟和皇太子的继承人及其追随者站队的派系之争，其实室町幕府先天不足，类似于东汉建立之初很多结构性问题没有解决，地方豪强一直存在，叛乱贯穿整个室町幕府时代，所以内乱给了豪强们借机搞事和上位的机会