这没有改变系统的总能量，只是将能量从一种形式转换成了另一种形式，同时改变了它的位置

能量就有质量，具体什么机制我也不知道，不过参考核反应

我觉得将能量运输到高势能位是需要施加外部能量的，比如电子跃迁，核反应等。

你甚至都已经开始假设了。。有没有可能你说的后面那个理论就不可能实现

把能量变回物质的时候，会额外消耗这个物质所处场的所需要的能量。质量和能量的转换包括其所处场的势能。

这里系统总能量没变啊

这难道不是高中大学物理课吗？明显这样是不能无中生能量的。你就算是把一团能量从势能低的地方用到势能高的地方，也必须损耗能量，到时候再转化成质量时就会以△E=△mc²形式亏损质量。
假如你以光能的形式向高处运输能量，光子的频率会降低；假如你以声能的形式向高处运输能量，声音的振幅会衰减；假如你以电能的形式向高处运输能量，电流会受到阻碍作用而变弱。
能量和质量是相通的两面，不管是运输能量还是质量到势能高的地方，都要消耗能量。之所以楼主平时意识不到这一点，是因为能量与质量之间的转化因子c²太大，导致我们几乎看不出能量的衰减。