《完美世界》中黑暗动乱的起源较为复杂，主要有以下方面：
诡异源头在遥远岁月尽头的世外高原上，一位祭道之上的强者生病后，焚烧自己将骨灰葬于高原之下. 后来高原塌陷，骨灰飘洒使高原产生意识，第一批外来强者沾染骨灰后发生诡变，形成了诡异一族. 诡异一族为追求更高境界，开始祭献各个大世界，引发诸天万界陷入黑暗，这是深层次的黑暗动乱源头.
尸骸仙帝的影响尸骸仙帝是诸天万界的第一位仙帝，刚进阶时遭上苍之上的黑暗仙帝偷袭，被原初黑血沾染，仙帝之躯被污染. 为避免祸害苍生，他将纯净元神放逐，封印黑暗肉身，但肉身仍会吸进纯净物质呼出黑暗物质. 后来灭世老人等准仙帝接触到尸骸仙帝的黑暗躯体，为获完整仙帝经文堕入黑暗，发动黑暗动乱，造就大量黑暗生灵，加剧了黑暗动乱.