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有氧呼吸的电子受体是分子氧，无氧呼吸的电子受体是氧化型化合物，而发酵是以未完全氧化的某种中间产物作为最终电子受体，有氧的底物是完全氧化的，无氧的底物是不完全氧化，发酵底物几乎是不氧化的。至于关系……不好说，怎么说的都有，我自己理解的简单版本就是发酵分为有氧呼吸和无氧呼吸两种（这两者是程度更深的发酵）

最通俗的说法：
发酵：底物水平磷酸化，不走电子传递链
呼吸：氧化磷酸化，走电子传递链