成功征服日本意味着日本的中古贵族和武士阶层可能遭受重创，甚至可能导致菊花王朝的终结。蒙古统治下，日本可能会经历文化传统的中断，书籍和建筑可能遭到破坏。然而，随着蒙古人的统治，日本可能会经历第二次汉化进程，佛教和儒学得到推崇，但原有的日本文化元素会受到压制或被蒙古和汉文化融合。
蒙古可能会在日建立一个半自治政权，上层由蒙古贵族和武士构成，中层包括僧侣和部分朝鲜、汉人官员，下层则包含旧贵族和平民。这种结构类似于元朝的民族等级制度，可能导致日本内部的权力重组和社会结构的深刻变化。
随着元朝统治的稳定，可能会出现类似室町幕府的分封制，蒙古贵族成为日本的大名，导致内部权力斗争加剧。日本本土的复国主义势力可能会兴起，反抗蒙古的统治。
元朝统治的衰败可能会影响其对日本的控制，元顺帝可能逃至朝鲜，与日本王联合对抗明朝。明朝建立后，朱元璋可能会将朝鲜并入明朝版图，并可能派遣朱棣到朝鲜准备征讨日本，这可能导致日本与明朝之间长期的紧张关系。
蒙古势力的扩张可能会导致东亚地区政治力量的重新分配，明朝可能需要面对一个蒙古影响下的日本，这将影响到后来的外交和军事策略，包括可能的长期海上对峙或联盟关系的变化。