批处理属于难度超级加倍。用MKVToolNix GUI 简单些。
要是高级语言，用调试功能，跟踪字符串分割后存入变量的数据，走一遍。
或者用正则表达式匹配准确些，过滤掉很多意外情况，提高容错能力。例如视频标题内含有Duration字符串，触发分割异常。

可以一个一个手工搞吗？批量的话极大可能欲速则不达……就比如你用Duration关键字去查询视频时长，你可以随便打开一个视频文件头看看，连在一起的duration信息都有四五个，用不同方式精度描述时长……另外手动的话，音频去匹配视频 ，那么你可能需要剪接音频先将音视频开头对齐，然后音频文件“-i”加载后使用音频滤镜调整音频长度匹配视频：-af "atempo=音频时长/视频时长"，注意这个改变范围从0.5倍到2倍，超过会报错。比如视频2秒钟，音频1秒钟，那么：-af "atempo=1/2"。再比如视频1秒钟，音频2秒钟，那么：-af "atempo=2/1"。两个例子，前者就是下限，后者就是上限。

已解决，代码如下，需要的可改为自己的路径或者名称
REM 指定MP3音频文件
set "audio_file=E:\3hour audio.mp3"
REM 遍历当前文件夹中的所有mp4文件
for %%f in (*.mp4) do (
REM 提取文件名（不带扩展名）
set filename=%%~nf
REM 输出合并后的文件名
set output_file=!filename!_00.00.00merged.mp4
REM 调用ffmpeg进行合并，并以视频时长输出
ffmpeg -i "%%f" -i "%audio_file%" -c:v copy -c:a aac -shortest "!output_file!"
)
echo 合并完成！
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