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以「神星樹」為靈魂循環的源頭，存在著多樣生命的星球。這是兩位年輕人在經歷了決定世界命運的戰鬥後的故事，以及在這之後展開的決戰。
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部族的悲劇，以及與強大的創星神之間的戰鬥。從那之後過了十多年。曾經目睹的團結之光，以及飛向未來的希望之光。
大戰留下的傷痕雖然深刻，但從戰禍中倖存的兩位年輕人繼承了逝者們的遺志，發誓無論未來掀起何種戰亂，都要守護大地與生活在那裡的生命。在這樣的兩人身邊，志同道合的人們自然而然地聚集起來。
兩人將肉體·精神的變異術「儀水鏡」的儀式進一步發展，昇華為召喚英靈之魂並將其作為武裝披覆的「降魔鏡」儀式術。
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在「神星龍」與「創星神 Tierra」決定星球命運的戰鬥背後，由於最後殘存的蒼焰死徒「獄火機 洪水」的出現，以「聖靈獸騎 星龍」為首的聯合軍被迫陷入劣勢。「精靈獸使 蕾拉」解放了自身覺醒的、足以匹敵創星神的力量。
就在此時，彷彿回應這股力量的解放一般，隱藏在神數神星樹中的巨大兵器「神數煉機聖 梅塔特隆」啟動了。它在蒼焰肆虐的戰場上瞬間現身。
然而，已經釋放了維繫自身生命力量的「蕾拉」，再也沒有餘力操控啟動的「梅塔特隆」。於是，「蕾拉」將「梅塔特隆」託付給另一位擁有創星神力量碎片的存在——「Sophia 之影靈衣」。
「Sophia 之影靈衣」將「創造與破壞之力」映照於降魔鏡中，使其進化為「影靈衣的神魔鏡」。
接著，以成為「萬物創造與破壞之器」的神魔鏡為媒介，「Sophia 之影靈衣」將「神數煉機聖 梅塔特隆」披覆於自身，並向「獄火機 洪水」發起決戰。