佐助登场篇
     在第二部中，佐助在和佐井见面时初次登场。他对佐井的出现无动于衷，还对大蛇丸的迟到表示不满。当佐井表示他会与比佐助更加好地和鸣人合作时，佐助用写轮眼震慑了佐井。此后佐井试图帮助鸣人和小樱，将佐助带回木叶村。佐助对众人的劝说毫不理会，表示只要能杀死鼬，就算大蛇丸夺走他的身体也在所不惜，然后就开始攻击新成立的第七班。      几轮交手之后，佐助进入了鸣人的意识，发现了九尾的秘密。九尾妖狐对佐助的出现很吃惊，他说佐助的写轮眼和查克拉比他自己的还要邪恶，并说以前见过类似的宇智波斑。佐助对九尾所说的事情并不感兴趣，并开始压制九尾的查克拉。九尾退却时威胁佐助不要杀死鸣人，否则定会后悔。回到现实世界后，佐助准备使用绝招将众人一举歼灭，这时大蛇丸和兜出现了。兜劝说佐助留下第七班，这样可以削弱晓的力量，便于他对鼬的复仇。于是佐助一行三人便消失了。
大蛇丸之死篇
     佐助出现在1000个被他打倒的忍者中间，他身上干干净净，一点血也没有被溅到，而且每一个忍者都没有给予致命一击。大蛇丸说即使是被称为天才的他在当年也没有如此实力。这时候的佐助觉得自己已经没有什么可以从大蛇丸那里学到的了，就在大蛇丸躺在床上养病的时候突然对他发起攻击，用千鸟锐枪攻击大蛇丸。而早有准备的大蛇丸则现出真身“白鳞大蛇”，要夺取佐助的身体。两人在精神空间里进行战斗。在佐助的写轮眼下，大蛇丸遭到了和当年对战鼬时相同的惨败.他的精神世界完全被佐助吞并了。      在摆脱大蛇丸的控制以后，佐助释放了被大蛇丸关押的水月。他同水月商量要组织一个新的小队，并说早有了人选。两人来到南秘所，说服了有特殊能力的管理员香磷入伙，然后释放了所有的囚徒。接着佐助一行人来到北秘所，准备释放重吾。此人是咒印的源头，拥有双重性格，平时很和善，但当咒印爆发时就抑制不住杀人的冲动。佐助、水月和香磷来到关押重吾的北秘所，并找到了他。正处于杀人冲动中的重吾与水月打了起来，但很快被佐助用大蛇缠住。重吾在佐助的杀气下恢复了正常，重新躲进牢房，害怕自己再次出去杀人。佐助对此表示会当重吾的牢笼，阻止他的杀人冲动。之后佐助又说君麻吕已为他而死，此刻重吾终于知道眼前这人就是君麻吕不惜生命都要将他带回大蛇丸身边的宇智波佐助。为了要见识一下佐助到底有什么能耐可以让君麻吕不惜牺牲来换取他，重吾决定加入他们。佐助的四人小队正式组成，取名为“蛇”，佐助的最大目的是要杀死鼬，而这世界都将因“蛇”的出现而发生变化。
大战迪达拉篇
     佐助与 “晓”的阿飞、迪达拉相遇，迪达拉与佐助开战。战斗过程中佐助利用自己的雷属性有效地克制了迪达拉的土遁炸弹，甚至破解了迪达拉原本用来杀鼬的必杀技——C4迦楼罗。最终迪达拉败下阵来，在穷途末路之际迪达拉选择同归于尽，为了证明自己的艺术         
以及不惜一切也要杀死佐助的决心让他发动了终极艺术自行爆炸，可惜佐助熟练地运用了写轮眼，进入万蛇体内用时空间忍术跃入其他空间，成功离开爆炸之地，得以保命，而迪达拉则在爆炸中身亡…
兄弟之战篇
     在另一边，木叶村收到情报，得知大蛇丸被佐助所杀，便开始进行寻找佐助的任务。“蛇”赶到“晓”的根据地，而佐助更遇到鼬，鼬指示佐助前往宇智波一族的故地，来个了断。      两兄弟决战，初时佐助似乎占了上风，从鼬背后向其插了一刀，但是这却又是鼬的分身，佐助立刻向身后的另一个鼬使用千鸟锐枪进行攻击。后从绝口中才得知，双方似乎是在战斗，但其实只不过是幻术上的攻防战，实体一直未有动身。佐助从鼬口中得知宇智波一族创始人——宇智波斑仍存在的事实，就是斑跟鼬一起消灭了宇智波全族，同时亦得知宇智波斑也同样拥有万花筒写轮眼，而且是第一个以眼睛控制九尾及揭露此眼另一秘密的人。鼬继续向佐助诉说万花筒写轮眼的另一个秘密，佐助之前已阅读过关于宇智波一族的秘密，了解到了万花筒写轮眼终有一天会失明的事实。鼬告诉佐助，本已是万花筒写轮眼拥有者的人，能从自己兄弟那儿取来同样的眼后而创造出带有独特力量的新眼睛——‘永恒万花筒写轮眼’，这双眼睛永不会堕入黑暗的失明世界中，而且还会有新的力量产生，这就是万花筒写轮眼的另一个秘密。因此鼬一直以来要佐助练成万花筒写轮眼，正是要这个弟弟作为他的‘备用品’，以脱离万花筒写轮眼拥有者失明的命运。      佐助知道一切“真相”后，亦有所行动。两兄弟不断使出绝招攻击对手，佐助的实力比起两年多前早已今非昔比，交战过程中，鼬最强的精神攻击——‘月读’与最强的物理攻击——‘天照’相继遭到破解，令躲在一旁观战的绝惊叹不已。在破解了鼬绝招之后的佐助亦查克拉耗尽，可这时佐助仍然放话自己准备了一手终极绝招…      原来佐助先前的火遁术射向天空目的并不是攻击鼬，而是用来制造出积雨云，进而产生雷电，并将自然界巨大的雷电之力通过手中雷电引导向鼬。

这个术被佐助命名为‘麒麟’。‘麒麟’的一击将整个据点都击得粉碎，佐助亦满心以为鼬已被杀死…但意想不到的是鼬也使出须佐能乎，防御住了佐助的攻击。      鼬使出了他的终极之术——‘须佐之男’，一个灵体巨人慢慢形成。就在此际，本来被佐助夺去力量、压制在其体内的大蛇丸，竟趁佐助力量虚耗之际企图侵占其身体，他使出自己最大最强的术——‘八歧之术’变化出八歧大蛇。但一如日本神话情况，八歧大蛇八个头颅先后被‘须佐之男’斩下，而本来潜藏在八歧大蛇内的大蛇丸，也被‘须佐之男’的十拳剑（别名酒刈大刀，草剃剑的其中一把，能将所有刺中的东西封印在醉梦的游离世界内）刺中，宇智波鼬最终查克拉耗尽死亡。佐助同样地也克制了大蛇丸的控制而平伏过来，咒印亦从此消失。但佐助此时已用尽所有力量，连写轮眼都使不出来了。面对鼬强大的‘须佐之男’术，佐助又没有写轮眼的力量，唯有不断以引爆符进行攻击，但这却一一被‘须佐之男’所持的‘八咫镜’抵御过来，鼬更步步迫近。然后在佐助的额头前轻轻点了一下（这里有个典故，佐助小时候每一次缠着鼬，请求鼬陪着自己练习忍术，鼬每一次都在佐助的额头轻轻点一下，并说：“对不起，佐助，不会再有下一次吧。”）天降大雨，而天照之火仍在不熄灭地燃烧…当佐助看见旁边的鼬再也不动后，他明白哥哥已死，随即留下了血泪，也接着倒下了。      斑在之后找到并救起已经濒死的佐助，并告诉了他宇智波家族与木叶曾经的恩怨，而鼬则竟然是木叶的双重间谍，他是为了防止战争的爆发才选择亲手灭掉宇智波一族的，并且鼬其实一直都在暗中保护佐助，当年鼬没有杀佐助，并且一直在培植佐助的力量，通过让他憎恨来不断将写轮眼变强，直至后来开启了万花筒写轮眼、永恒万花筒写轮眼。因为在鼬认为，佐助很重要。佐助得知真相之后十分震惊与悲愤，他决定刺杀逼死鼬的幕后黑手——团藏等三位木叶高层，以及摧毁对宇智波一族实行灭族政策的木叶忍者村。
捕捉八尾篇
     佐助的小队更名为“鹰”并临时与晓合作，前往雷之国收服八尾人柱力，拥有新的写轮眼的佐助轻易地获得了八尾人柱力的情报，前往云雷峡。在云雷峡，“鹰”遇上了前所未有的强敌八尾人柱力——奇拉比，千鸟流、千鸟、咒印、斩首大刀相继失效，佐助身中七刀，幸得香磷救治，继续战斗。此时，八尾人柱力望速战速决，使出了绝招“第八把刀”，并进一步完全八尾化，佐助想起“鹰”小队对自己的帮助，最后浮现在内心的是鸣人、小樱、卡卡西，当年的第七班。内心的情感催动了他使出天照，击败八尾，将其捕获。不过被击败的八尾却只是八尾的小分身，原因是八尾在被天照焚烧之际故意用尾巴攻击香磷，而佐助为了救香磷自己将八尾一只尾巴切了下来，导致八尾逃脱，八尾用自己的胆量和智慧得以自救
五影大会篇
       火影单行本五十一
     鹰小队在一番修整之后决定向木叶进攻，不过途中被告知木叶已被摧毁，于是转变目标——潜入五影大会，刺杀火影！由绝带领其前往五影大会，但在到达之后却被绝出卖。绝告知五影佐助潜入的消息，愤怒的雷影立马开始寻找佐助（由于八尾人柱力为雷影的弟弟，而雷影以为其弟已落入佐助之手，因此对佐助有着很深的仇恨）。随后雷影发现佐助一行，一番开场的激战之后，雷影与佐助进行一对一单挑。雷影的实力强得逆天，佐助在战斗中使出‘千鸟’、‘天照’等绝招，均无法压制住雷影。之后佐助控制天照的形态形成一个黑火之盾，用来阻挡雷影的攻击，可惜雷影选择玉石俱焚，宁可手脚不要也坚持攻击佐助。眼看两人就要两败俱伤之际我爱罗前来助阵，雷影暂时退下治疗断掉的左手。而佐助则对上了我爱罗等四人，战斗中佐助使出了自己新的奥义——须佐之男，抵挡住了众人的合力攻击。随即佐助放弃与风影、雷影继续纠缠，直奔团藏所在的会谈场所准备和团藏拼命，但是却又遇上了对晓有很深仇恨的水影，而团藏也在此时趁机逃脱，佐助则不得不与水影交手。水影拥有溶遁、沸遁两种血继限界，而佐助因连续与多名高手交战，且须佐之男使用过多，导致查克拉用尽，同时全身每一个细胞也都疼痛不已，从而无法抵挡水影的忍术。这时绝赶来帮助佐助，使得佐助足以从水影制造的密室中逃脱，但是刚出来又立马对上了土影，被土影的尘遁之术迎面击中。在所有人都以为佐助已死的时候，斑抱着昏死的佐助出现了，并说出了“月之眼计划”……之后佐助被斑用时空忍术转移到了         


另一个空间，由香磷对其进行治疗。斑在与五影交涉破裂之后也离开了会场，临走前宣布第四次忍界大战开始了。
复仇团藏篇
     斑出现在逃离会场的火影——团藏面前，在将团藏的两个随从用时空间忍术打败之后，斑从异空间放出佐助与团藏对决。佐助战斗中使用了万花筒写轮眼瞳术——‘须佐之男’抓住了团藏，对其质问关于鼬的真相，在团藏说出真相并称鼬为木叶的叛徒之后佐助的怒火爆发，将团藏捏碎。但此时团藏却又再次出现在佐助身后，两人接着继续对决，佐助使用天照等绝招再次将团藏“杀死”，但是团藏仍然再次出现，就在此时，佐助使出了幻术，变化出了鼬的幻像来对付团藏，但这一切既然对其无效，而佐助却被团藏用咒印束缚住了无法动弹。危急之际，佐助爆发了对哥哥的思念，发挥出了须佐之男完全体，扭转了局势，而团藏那种杀不死的能力的真面目也渐渐浮出水面，据斑所言，那是连宇智波一族都将其列为禁术的绝招——“伊邪那歧”（注：伊邪那岐为日本神话中的创世神，即月读、天照、须佐之男的父亲）。但在经过了一番艰苦的持久战之后，佐助还是将团藏打倒。而濒死的团藏不甘心失败，竟挟持香磷人质。可是，佐助早已被仇恨侵蚀了心灵，于是他不顾香磷的生死，使用千鸟锐枪将黔驴技穷的团藏以及被团藏劫持的香磷一并贯穿，团藏最终只好放弃人质，使出同归于尽的封印术，幸亏宇智波斑告诉宇智波佐助。不然宇智波佐助就死了。
第七班再会篇
     佐助打败团藏后，鸣人、卡卡西、小樱先后赶来，第七班到齐。鸣人的螺旋丸先和佐助的千鸟对上，然后两人一起被相互的忍术弹开，鸣人接着次动之以情，劝佐助回来，但仍然无果，佐助对鸣人立下决战宣言后和斑一起离开了现场。佐助因为一天之内用了十多次万花筒写轮眼，视力严重下降，趋近失明，不仅坚持复仇，而且向斑要鼬的写轮眼，声称会亲自解决鸣人，鸣人现在已经得到了九尾查克拉，并将九尾重新封印，迎来与佐助最后的决战。
编辑本段忍术
遁术
     火遁·豪火球之术      提炼查克拉从口中喷中一发大火球，其威力可以烧出直径7米的洞穴来，是宇智波一族基本的火遁忍术，佐助在幼年时已可以使出。      火遁·凤仙火之术      从口中连续吐出火球，攻击轨道就像凤仙花的果实，单个威力不及豪火球，但是数量占优势，火球的轨迹可以利用查克拉来操纵。      火遁·龙火之术      在结印之后从口中发出直线型的火焰，速度和威力都是一等一的，威力足够打断粗壮的树木。      火遁·豪火龙之术      宇智波佐助自创的A级火遁忍术。在体内聚集大量的查克拉，并将其高度压缩成炎龙形态，巧妙的操纵炎龙来袭击眼前的敌人，熟练度高的话可以连续放出数条炎龙，比起攻击范围更重视攻击威力和准确性。而且被炎龙之锐牙击中的人，瞬间就会燃烧化为灰烬。      雷遁·千鸟      高密度凝聚查克拉集中于手中进行高速冲刺，攻击时会发出有如千只鸟鸣叫的刺耳声音，把查克拉集中于手掌，直接直线攻击对手，破坏力巨大，杀伤力之强足以贯穿人体。属于A级忍术。将咒印融入千鸟后会产生出黑色的千鸟。俗称暗黑千鸟，是宇智波佐助的必杀技。      雷遁·千鸟流      让全身布满千鸟，意思就是并非用手来使用千鸟，而是用全身来使用，可以扩大攻击范围，但破坏力较原来的千鸟为弱。而且还能够将千鸟打入地下，使电流通过大地，流向并攻击对手。      雷遁·千鸟千本      千鸟千本是第二部中佐助在原先千鸟的基础上自创的A级忍术，将雷遁查克拉藉由手中的千鸟发射出去，化为极细的雷之千本攻击对手。可以配合写轮眼攻击对方查克拉穴 。      雷遁·千鸟锐枪      将千鸟形态变化成枪，最长距离为五米。      雷遁·千鸟光剑      《火影忍者疾风传剧场版－羁绊》中佐助所用，漫画和动画均无此招。      雷遁·麒麟      这是雷遁忍术的终极奥义！佐助所研发出的麒麟，说是将雷属性发挥到极致也不为过。首先是展出【豪龙火】之类的火遁忍术令周围的空气急剧增温，从而产生上升的气流，然后上升的气流又产生积雨云，最终积雨云产生雷电！！控制雷击的形状变化并引向目标，在惊天的咆哮声中同时消灭敌人。因为是利用自然现象的忍术，所以只要消耗小量的查克拉就可以发动。以忍者巅峰为目标的佐助，最终连「雷」都可以控制在手上宇智波佐助自创的S级雷遁忍术。先使用火遁术让空气突然被加热，形成上升气流，制造出积雨云，继而产生雷电，再将自然界巨大的雷电力量经过手中雷遁的引导，轰向敌人。