《游戏王GX》（游☆戯☆王デュエルモンスターズGX）继承了动画《游戏王－怪兽之决斗》世界观的新系列第2部。男主角从原作的武藤游戏更换为游城十代，一些基础设定也焕然一新。舞台与《游戏王－怪兽之决斗》是同一个世界，前作的登场人物也有数名登场，但是本作与前作剧情上并不衔接，而是创新。标题中GX是“Generation next（下一代）”的缩写。另外，虽然没有在职员表上出现，但主要角色和主要怪物的设计（原案）是原作者高桥和希自己。2004年10月6日到2008年3月26日在日本东京电视台播出，全180集。

剧情简介编辑游城十代在前往决斗学院实技测验的途中，与传说中的决斗者——武藤游戏偶遇，并从武藤游戏手中获得一张幸运卡「羽翼栗子球」。不过因为是勉强赶上实技测验，笔试成绩又不佳，库洛诺斯老师本想亲自为游城十代关上入学大门，没想到这反而成为他不平凡生涯的开始。（注：以下信息包含严重剧透）

第一年(1年级)为了夺取被封印在决斗学院地底遗迹中，拥有毁灭世界力量的三幻魔「幻魔皇拉比艾尔」、「降雷皇哈蒙」、「神炎皇乌利亚」，出现名为「七星」（SEVEN STARS）的神秘团体。相应的，决斗学院方面的游城十代、天上院明日香、万丈目准、三泽大地、恺撒亮、库洛诺斯·德·梅迪奇老师和大德寺老师，被选为七星门钥匙的守护者，并与七星猎人进行争斗。发现大德寺也是七星之一。

就在战胜七星不久，幕后黑手影丸理事长突然现身，发动七星门钥匙真正的功用，开启了唤醒三幻魔力量的仪式……

第三年(3年级)光之波动事件结束后，鲛岛校长为了提高学生的决斗水平，从决斗学院四所分院请来约翰·安德森、奥斯丁·欧布莱恩、吉姆·克劳戴尔·库克、阿蒙·加勒姆和眼镜蛇老师。按照眼镜蛇老师的指导方针“公开决斗（Disclosure Duel）”，让学生戴着“Dis-belt”进行决斗，然而众人渐渐发觉事情不单纯，于是展开调查。但未能及时阻止，决斗学院被传送到异世界，突然来到异世界顿时让众人乱了头绪，还得对抗「尤贝尔」利用学生制造出来的僵尸，最后在两个世界的通力合作之下，成功的回到原来的世界。但约翰为了救十代一行人，迷失在了异世界，被「尤贝尔」控制着。为了救出迷失在异世界的约翰，十代等人再次前往异世界，在这里每场决斗都必须赌上性命。不断独自前进的游城十代，在同伴“死亡”和指责下，被心中的黑暗彻底控制而变成了霸王军首领：「霸王十代」，因为吉姆和欧布莱恩的牺牲终于让他恢复正常，可是由于自己曾经利用融合杀过许多人而自责的他无法再使用融合。然而看到恺撒奋战的身影，让他获得前进的力量，克服心理障碍救回约翰，也感动了尤贝尔，十代使用（超融合）使两人融合在一起。最后回到了学院。但这关系到12个次元的危机并未就此结束。

第四年(3年级)因为三幻魔、光之波动和尤贝尔事件，造成时空扭曲让「Darkness（黑暗魔王）」来到这世界。在毕业前夕，众人都在为未来烦恼的时候，世界已被「Darkness」吞噬了，游城十代成了最后的希望[1] 。在与约翰合力打败藤原优介后，又孤军奋战，最终用希望与信念唤醒迷失自我而被封闭的众人且打败了「Darkness（黑暗魔王）」。毕业典礼结束后，众人还在毕业舞会狂欢时，游城十代已经收拾好行李，准备一个人默默离开，却在「羽翼栗子球」的引导下，与传说中的游戏王武藤游戏进行一场真正的「毕业决斗」，结果未知，（应该是十代输了，因为游戏最后召唤了天空龙，可是十代只是用新宇侠去攻击，那时候十代只有一千多HP，而天空龙却有5000攻击力，新宇侠只有2500攻击力，因此攻击后十代就输了）可十代没有放弃，他带着大德寺老师一直向前跑，没有停息......