首先我们要清楚，火影只是 JUMP 漫画生产工厂中非常出彩的一部作品，在少年 JUMP 这么独特性的杂志连载，火影存在的本身是受到“JUMP 系漫画”的命运的约束的。
打个比方，JUMP 上从来就没有从一开始就注定要长篇连载的漫画，第一第二话好评如潮但过了三个月保护期立刻夭折的作品比比皆是，本来只想画短篇但是因为连载情况太好拖成长篇的更是比比皆是。所以说想多少画多少，画多少再想多少不是问题，而是很正常的一个现象。不光是火影，死神龙珠幽游，都可以说是一开始“没想到要画那么长”的。像龙珠这种搞笑漫硬转宇宙格斗漫，幽游这种温情漫转三界格斗漫的成功案例说明了，画一步想一步的模式是可行的，关键是看作者的功力如何。

这种 30 本的都算长篇，龙珠 42 本的已经进神坛了，换到现在久保画了 50 本才打掉一个蓝染（角色摆了太多的 pose 是一个问题，诚意是另一个问题
下面我说一下对题主罗列的问题的看法（顺便说一下，久保犯的所有错误都可以总结为诚意余额不足）：
1、鸣人升级太快、口盾太逆天；
我倒觉得鸣人升级真的不快，而是的成长轨迹太诡异。05 年第二部刚开始我就吐槽过，佐助用三年修炼到一上来干掉了大蛇丸，鸣人倒好，只保持了小强正常成长速率，必杀什么的要进故事中重练，而且岸本居然还没构思好怎么练，甚至出现了五遁设定用了又弃这种打自己脸的行为。于是读者看到的是鸣人一周练成风遁螺旋丸，一天达成仙人模式，一个早上把寒假作业补完了，不被骂开挂时不可能的。
我觉得嘴遁是岸本的恶趣味。每个作者都有怪癖，比如爱吟诗的久保，每话有一半分镜是 pose，一样也有读者喜欢看。比如每周都卖肉的妖尾（不用谢），名人的确嘴遁，但是至少，他每次都是实打实把人打趴下再嘴遁，所以也不算太耍赖吧（—_—）
还有，我认为岸本其实一开始也不想太早扶鸣人做太子，至少没表露出这个意愿。
2、从前强大的角色现在看来很酱油，包括但不限于：三代、卡卡西、宁次等等；
不是酱油，其实是新角色取代旧角色。当岸本决定用迪达拉蝎子取代宁子勘九郎的戏份时，他肯定有信心新角色已经把旧角色的人气吸收走了。读者是很喜新厌旧的，有了佩恩阿飞就不看小李我爱罗了，就是这么现实。这样对剧情完整性来说很伤，但不会影响读者的评价。
角色方面岸本最大的问题其实是故事铺太大，光是讲故事就用光了所有精力，无力再在角色身上下功夫。第二部的剧情基本只靠鸣人，我爱罗兄弟展开，新角色记不住，旧角色用不上，就是这个问题。你让他以小樱视角讲一段，他没这个本事，这方面尾田真的是高到不知道哪里去，轻轻松松就让路飞带一群新角色去顶上之战，一切信手拈来。
3、从前的战术设定被推翻或者毫无意义，包括但不限于：查克拉量有限、五种遁术、团队合作等等；
这的确暴露了岸本讲故事的能力，但其实这种现象不是个例，在 jump 很多剧情都是拍脑袋的，但作者牛逼就牛逼在拍完以后能不能圆。比如富奸，随口给幽助开了个魔王后裔的挂，吹完以后能立刻推出一个魔强统一战篇，毫无违和感同时把幽游推上了一个新的高度，这就叫本事。
岸本么，呵呵。
4、boss 带土冲冠一怒为红颜，额，仅仅是为了红颜。
这一点的确是岸本的下限。从卡卡西外传可以看出，岸本八年前就打算让带土当 boss 了。八年想了这么个理由，没错他弱爆了。
5、火影沦为“写轮眼的故事”。
火影其实是沦为了初代与宇智波之争得故事。岸本的兄弟情节导致他对鼬这个角色的爱过分了，从而令宇智波线失去了平衡，但不能说这导致了火影烂尾，毕竟他极早让鼬退场了。但是鼬的最后出现改变了佐助的走向，帮他顺利洗白了，要知道我等都等了鸣佐大战几年了，如果真的变成友谊赛（目前看来没跑了），那就是又一次放弃设定，和真正意义上的烂尾了。

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