对于疾病的发生，西医一直以外来感染、外来伤害为疾病发生的主要因素。如上呼吸道感染、肺炎、心肌炎、肝炎、结肠炎、胰腺炎、膀胱炎、肾炎、脑炎等等都属于外来感染一类，各种外伤包括化学性损伤都属于外来伤害一类。当然还有心脑血管病、免疫系统疾病、精神系统疾病等都属于人体内部原因。而中医学则将一切疾病的发生归结为三大类，即外因风、寒、暑、湿、燥、火六淫之邪，内因喜、怒、忧、思、悲、恐、惊七情，不内外因如跌打损伤、饮食、劳倦等。这些中西医关于疾病发生的内外原因，反映了中西医基本的学术思想，并在这种基本学术思想的指导下，各自形成了自己独特的庞大学术体系，对医治人类的疾病起到了巨大的作用。而科学发展到了今天，特别是在对人的生理、病理有了更深刻的认识之后，我们就应该更加理解到一切的外来因素（外来的暴力性伤害除外）对于疾病的发生都不是主要的，而人体的内环境异常变化才是主要的。比如上呼吸道感染是细菌性的感染，在同样的环境中，有的人感染，有的人就不感染；肺结核是结核杆菌感染，在同样的环境中，有的人感染，有的人不感染，这是什么原因呢？这就是人体的内环境不同的缘故，其他诸如此类的疾病发生也都是这样的。这个问题中西医也都注意到了，特别是中医在这方面研究得更深入，但是，问题是把内环境的异常变化与外来因素对于疾病发生的重要性，谁是第一位的，谁是第二位的，这关系到我们在医学研究时的侧重点放到什么地方的一个大问题，有些疾病至今我们没有弄清楚原因，主要就是把研究的侧重点搞错了，这样我们就不可能得到研究结果。外因是变化的条件，内因才是变化的根据，因此，我们在研究疾病发生的时候应把侧重点放在人体的内环境上，这对认识正常生理状态变化非常重要。
关于疾病的转归问题，随着医学研究的不断深入，也要进行重新认识。我们过去在治疗疾病时，只注意将疾病治愈（指病变已经停止继续伤害人体，致病因素已经排除），而很少注意到疾病被治愈后，有关脏器的功能有无影响，对人整体的身体状态有何影响，对人的工作能力有何影响。治愈的标准应该是在保证人体组织结构的完整性不受破坏，有关脏器的功能和人的工作能力不受影响的情况下，将致病因素排除，这才叫真正的治愈。这个观点的转变对于推动医学科学的进一步提高，减少个人和社会的负担都有积极意义。如果我们医生“治愈”了成千上万病人，都是残废或半残废的人，或留下难以消除的后遗症，那我们的医疗价值就会降低很多。
要达到上述真正治愈的目标除了要对治疗技术进行彻底的改造提高外，更重要的是要研究人的生理特性，治疗是引导和帮助人体强大的自我调节的生理功能来战胜疾病，而不是代替或者影响人体强大的自我调节的生理功能，尽量少用或不用那些伤害性的治疗措施。