一个真实的案例：
施工合同总价款300万，分两期施工。总包方A公司将其中的250万分包给B公司完成。一期已在4月30日前完成，发包方已给总包方A公司结款250万，且已缴纳营业税。而由于B公司进度较慢，一期结束时，总包方A公司并未给B公司按进度结款。
6月初，二期工程完成，发包方给总包方A公司结尾款50万。总包方A公司按分包合同给分包方B公司结款250万，且B公司已将增值税发票开给A公司。那么A公司到施工地国税机关预缴时该如何抵减？