就在近代，考古学家也的确在南京发现了明代这条由皇宫通往城外的密道。朱元璋挖这条暗道的目的就是专为子孙后代逃生所用，所以他不可能不告诉朱允炆。因此，可以断定建文帝并没有死，而是从这条暗道逃出了城外。
建文帝逃出京城后他又去了哪里？对于他最后的下落民间传闻他没有死的说法有很多种，一种说法，建文帝逃出宫后，来到贵州，也安顺平坝县境内的“高峰寺”内隐居，并在那里留下了著名的“红涯天书”，说的就是讨伐燕王朱棣的撽文。
在“高峰寺”下还有一洞穴，名叫“藏身洞”，洞里面还立有一块石碑，上书“秀峰肇建文迹尘知空般若门。”的碑文，寺中的另一块石碑上刻有建文帝来此避难的经过。但由于“红涯天书”上面的字无人认识，并且还遭到过破坏，至今也无法证明此地便是建文帝的藏身之处。
还有一种说法，就是建文帝从南京城逃出之后，辗转来到泉州。过了一段时间后，建文帝等人见此地也不安全，随时都会被燕王的爪牙发现。于是，在达玄和尚的指引下来到泉州开元寺，隐匿寺中，一边派人暗中寻找出逃海外的机会。
后来，他们登上了一条阿拉伯商人的货船，到了印尼苏门达腊岛，并在此定居下来。据说，至今当地的一些华人，仍在每年五月建文帝继承皇位那天，举行拜"皇爷"之礼。传闻明代郑和下西洋其中任务之一便是寻找建文帝。
另一种说法，建文帝扮成和尚逃出皇宫后，辗转来到福建宁德一个叫上金贝的村子，就在村旁的“龙回寺”做了和尚。至今在上金贝村还保留一座数百年前的古墓，当地人说墓中葬的就是一位和尚，不少人都拿出很多证据证明此墓就是建文帝朱允炆的墓葬。
因为这坐古墓从各方面看，都绝非一般和尚和普通官员所应有的规模。不仅有龙饰纹，还坐北朝南，这种方向只有皇帝才能用。就在墓的旁边有一坐古寺，名叫“回龙寺”。寺内珍藏有一件上面绣有九条龙的明代袈裟。就是朱元璋赠送给建文帝的那幅袈裟。朱元璋没称帝前就做过和尚，取得天下后便让人绣了一幅代表“九五之尊”的这幅袈裟。
当时随同建文帝一同出逃的随从里有一个名叫郑洽的，上金贝村就有许多姓郑的，据说他们就是郑洽的后裔，郑氏家族的族谱中记载他们的祖上就是建文帝时期一个名叫郑三合的人。这个郑三合就是郑洽。当时为了躲避官府的追缉，就改名换姓，把“洽”字拆开成了三合。
不过，为了保护古代文物，这座古墓至今尚未发掘，墓中葬的究竟是不是真的建文帝目前仍无法定论。但大多数人仍认为建文帝没有死，而是逃出了皇宫，只因朱棣已夺得天下，他想要重新复位已不可能，为了保全自己的性命无奈只能隐姓埋名、流落他乡。建文帝在位仅四年就被他的叔叔燕王取代，而建文帝的下落也因此成了一个千古之谜。