党建与业务经营是密不可分的有机整体，没有脱离党建的业务，也没有脱离业务的党建。然而在实际工作中，仍然或多或少存在一些问题，导致党建与业务经营“貌合神离”。
融合意识不强。一些基层支部书记对抓党建的职责认识不清，存在“重业务轻党建”思想，个别支部书记甚至认为没有时间专门抓党建。同时，“抓党建促发展”的意识较为淡薄，没有用心思考和研究如何以党建工作推动业务发展，也不知道怎么将党建工作与业务发展进行融合。
融合形式不多。从全省看，目前采取支部共建的模式较为普遍；从单个法人机构看，只在个别支部选择以村级共建、或社区共建、或政府部门共建的单一形式开展试点，尚未形成多方面、全覆盖的形势。
融合措施不实。个别支部选了共建支部、立了共建牌子，但是没能通过经常开展共建活动，切实为老百姓解决问题来达到情感深度融合的效果，仅以费用、奖励等形式进行利益驱动来推动业务发展，导致出现“有钱就动、没钱就不动”的情况，共建支部的作用没有发挥好。
融合后劲不足。一些支部在试点的时候兴趣很高，到后来遇到人员调整、经费不足、事务繁忙、阻碍较大等问题就中途放弃，浅尝辄止，没有持续推进融合工作。一些机构没有对好的做法进行深入总结提炼，也没有很好地在示范点展示出来，自上而下的宣传做得不够好。