应计入主营业务成本科目。因为种子、化肥、农药是农业企业生产、经营的主要消耗物料，其成本已包含在农业企业的销售价格中，应当作为农业企业的主营业务成本计入主营业务成本科目，进而影响该企业的毛利润。