【鲸鱼娘也是兽娘！】
四面环海的水之都 『天洲（あまのしま）岛』。
街市以遍布水路闻名，观光客数量高居不下。
小岛因从饮用到电力转换都可行的万能资源“能源水”的产业而兴起繁荣，为了研究这种能源还专门建造了学园。 另一方面，从很久以前开始在这不可思议的岛上便流传着“掌管水的神大人能够实现人们的愿望”的传说。
某日、主人公 成海悠真（なるみ ゆうま）、不知为何随着一大堆行李被丢到了海岸边。
于完全陌生的小岛上徘徊时遇到了一名少女、没想到她居然坚称自己是传承中的“鲸神”。
然而其原本所持有“实现愿望的力量”不知为何丧失了，为了取回力量请求主人公的帮忙。
就这样、糊里糊涂的悠真成为了鲸神的御使、与在岛上结识的朋友们为了再次唤醒“许愿水”传说的故事开始了。
他们最后会实现怎样的愿望――？