鱼粉产品质量可以分为营养质量与卫生与安全质量两大类。
营养质量可以分解为化学营养价值和可消化的营养价值。化学营养价值主要是指鱼粉的蛋白质种类、含量，蛋白质中氨基酸组成、含量以及必需氨基酸的平衡性等，以及鱼粉中的维生素、微量元素、牛磺酸等营养物质、生物活性物质等。而可消化营养价值主要是指蛋白质、矿物质等的可消化利用率，主要是考虑鱼粉生产过程中，过高的温度或局部过高的温度可能导致鱼粉中蛋白质焦化，以及鱼粉自燃后蛋白质的焦化，导致鱼粉蛋白质的消化利用率显著性下降，这将影响到鱼粉产品的实际利用效果。
影响鱼粉产品的卫生与安全质量的因素主要包括鱼粉中残留的重金属类物质、微生物种类及其数量、蛋白质和油脂质量变异所产生的有毒有害物质等。
鱼粉产品中残留的重金属等有害物质主要与鱼粉原料鱼、原料鱼的产地（水域环境）等有关，当原料确定后，重金属等残留量也基本确定了，在加工过程中变化不大。在加工过程中，可能影响重金属等含量变化的因素还是在蒸煮过程中物料的水分含量，如果水分含量多，或许可以带走部分水溶性的重金属等物质，这些物质将进入鱼溶浆或鱼溶浆浓缩液中，而如果返浆鱼粉生产中将鱼溶浆或其浓缩液返回到鱼粉中，则这些水溶性的重金属等物质又将回到鱼粉中。
鱼粉原料鱼、或食用鱼加工的副产物中的微生物是影响鱼粉质量的一个重要因素。微生物是无处不在的，在原料中的微生物如细菌等将利用原料中的氨基酸作为其营养物质，并产生组胺、腐胺等生物胺，这是鱼粉产品中生物胺的主要来源。微生物产生生物胺的主要环节包括加工前的原料、进入厂区后没有及时加工生产的原料、在加工过程中的原料以及鱼粉产品中（如果水分合适，微生物生长也会产生生物胺）。而加工前的原料可以采用低温的方法，并及时用于鱼粉生产加工，以减少微生物的作用时间和繁殖生长的数量。在加工过程中则需要利用温度将微生物杀死，达到杀菌的作用。鱼粉产品则是用控制水分含量在10％以下的方法来控制微生物的生长、繁殖。
蛋白质的腐败作用主要是在微生物的作用下产生的，这主要与原料鱼的新鲜度、原料鱼的保存时间等有关。而要减少蛋白质腐败产物在鱼粉中的残留量的主要方法则是利用其水溶性，将大量的生物胺类物质溶解在水溶液里，随着鱼溶浆带走。所以，脱脂鱼粉中生物胺的含量较半脱脂鱼粉、全脂鱼粉中低。
油脂氧化酸败产物是影响鱼粉安全性的主要因素。鱼油中含有较多的不饱和脂肪酸，油脂的氧化酸败在原料中、加工过程中、鱼粉产品存储过程中都有发生。控制鱼粉产品油脂氧化酸败最有效的方法就是控制鱼粉中油脂含量，并加入一定量的抗氧化剂。在加工过程中，由于水分含量较高，如果加工的温度过高、时间过长，将导致鱼油的氧化酸败作用加强，严重影响鱼粉产品的安全质量。