打开软件显示打印机错误如下图，该怎么解决，求教。

蛋白质组（Proteome）的概念，最早由澳大利亚Macquarie大学的Wilkins和Williams于1994年首先提出的，是指一个基因组（Genome），或一个细胞、组织表达的所有蛋白质。 蛋白质组学（Proteomics）以细胞、组织或生物体全体蛋白质为研究对象，通过高通量的色谱质谱联用技术检测样品所有蛋白质及其变化规律，包括蛋白质的表达水平，翻译后的修饰，蛋白与蛋白相互作用等，利用生物信息技术从整体的角度获得蛋白质水平上的关于疾病发生，细胞代谢等过程的变

2003年，Ma等人开发了PEAKS。PEAKS是用于解析肽图谱的一种串联质谱蛋白质组学软件，可用于基于串联质谱的肽测序，蛋白质鉴定和蛋白质定量分析。他们在PEAKS方法中运用了新的从头测序模型和算法，分为四个步骤： 第一步将图谱进行预处理，包括图谱噪声过滤和图谱峰聚合； 第二步是在简化后的图谱中根据母离子质量列举出所有可能的候选肽段； 第三步和第四步为综合打分的差异分析以及分值正则化。 PEAKS蛋白质从头测序技术一般通过肽从头测序辅

Edman降解是蛋白质测序中一个非常重要的反应步骤，因为通过该反应可以对蛋白质有序的氨基酸组成进行分析。自动化Edman测序仪现在已得到广泛使用，他们能够对长约50个氨基酸的肽进行测序。以下概括了使用Edman降解进行蛋白质测序的步骤，随后还将对其中一些重要步骤做详细说明。 1. 用2-巯基乙醇等还原剂破坏蛋白质中的任意二硫键，过程中可能需要一个保护基团（例如碘乙酸）以防止化学键重新形成； 2. 果蛋白质不止一个，则需要分离并纯化蛋

Sequest是第一个通过将MS-MS数据与数据库序列匹配来鉴定蛋白质的算法，它是由John Yates和Jimmy Eng等人于1995年提出的。和其他类似算法或软件一样，Sequest的价值在于它可以相对快速地将MS-MS谱图分配给数据库中的特定肽序列。这使得蛋白质组学分析中的大量LC-MS-MS数据能够快速减少。这里需要强调一点，Sequest和类似的程序实际上并不能对谱图本身进行从头解析。因此，这些程序的结果输出取决于获得的MS-MS数据的质量以及所用数据库的完整性和准确性。

尽管MALDI原则上是一种软电离技术，几乎只产生完整的生物分子离子，但MALDI在电离过程中会形成相当程度的亚稳态离子。对于肽和蛋白质离子，这种亚稳定的离子行为不仅会引起中性小分子（如水和氨）的损失，还会引起多种肽键断裂。MALDI-MS中有两种不同类型的碎片反应：（i）在激光撞击后几百ns内，质谱仪的离子源附件的离子的“迅速碎片” （prompt fragmentation）和（ii）PSD则需要较长一些的时间（μs），在将来源于MALDI的离子从离子源提取到RETOF质

虽然基于MS1的方法通常可提供相对准确且快速的定量，但该技术还是存在许多问题。首先，当“已鉴定”的化合物不用于目标数据提取时，跨多个样本的不同MS1 LC峰的对齐需要很复杂的算法。此外，当从复杂样品中提取所有测量的MS1质量时，样品之间光谱峰重叠的可能性增大，从而在光谱和LC级别上产生卷积数据。其次，样本复杂度，检测装置的特异性以及MS1扫描对LC峰取样的次数控制了检测极限（通过引入一种不能从母体离子信号中分离出来的噪声

尽管二维凝胶电泳（2D PAGE）作为一种解决复杂蛋白质混合物的方法优于其它方法，该技术仍存在一些问题。首先是难以进行完全可重复的二维凝胶电泳2D PAGE分析。当希望使用二维凝胶电泳2D PAGE通过比较染色凝胶的图像来比较两个样品时，这个问题就变得尤为重要。蛋白质在两个维度上的迁移差异可能被误认为是两个样本之间某些蛋白质水平的差异。 使用二维凝胶电泳2D PAGE的第二个问题是一些蛋白质与第一维等电聚焦IEF步骤的相对不相容性。许多大

二维凝胶电泳（2D PAGE）分离方法可以说已经成为蛋白质组学的代名词了，是目前解决高度复杂蛋白质混合物的最有效方法之一。2D PAGE实际上是两种不同分离类型的组合。在第一种情况下，等电聚焦电泳（IEF）根据等电点分解蛋白质；在第二种情况下，通过聚丙烯酰胺凝胶电泳进一步分解聚焦蛋白质（如图1）。因此，2D PAGE通过等电点和分子量分别在第一维和第二维分解蛋白质。 图1. 2D-SDS-PAGE示意图 尽管2D PAGE是解决复杂蛋白质混合物的最有效方法，但

高效液相色谱法HPLC是分析蛋白质/多肽混合物中应用最广泛的一种分析法。在完整蛋白质的分离中，固定相和分离模式的多样性赋予了HPLC相当大的分辨率。HPLC分离模式的组合是蛋白质组学分析最有效的工具之一。串联组合分离模式的使用被称为“串联高效液相色谱法”。串联液相色谱法的目的在于利用不同的分离模式组合，提高肽在混合物中的分辨率。HPLC的主要模式和分离的特征： •RP：疏水性 •强阳离子交换：净正电荷 •强阴离子交换：净负电

将多维液相层析-串联质谱法 (MudPIT)与单独用RP-HPLC和 LC-MS进行比较，串联方法大大增加了一次可鉴定到的肽的数量。串联法有助于进一步蛋白质/多肽混合物分离，以便质谱仪能够获得更多组分的数据。此外，串联液相色谱法也有助于从含有蛋白质的低丰度混合物中鉴定肽。用MudPIT方法对酵母蛋白的分析表明，从低丰度蛋白样品中鉴定蛋白质/多肽的方法有了显著的改进。这与2D SDS-PAGE相反，后者更适用于鉴定高表达的蛋白质。 多维液相层析-串联质谱法

基质辅助激光解吸/电离（MALDI）成像质谱（IMS）是一项强大的技术，可通过一次实验研究整个组织切片中数千个分子的空间分布。由于蛋白质代表组织和细胞中重要的功能分子组，因此蛋白质成像已成为IMS技术和方法发展的重点。蛋白质谱鉴定对于分子成像数据的生物学环境至关重要。然而，MALDI产生的蛋白质的气相碎裂效率，使得直接从组织中进行蛋白鉴定变得困难。MALDI成像质谱系列文章重点介绍与蛋白质谱鉴定相关的方法和技术，这些方法可以

蛋白互作的研究背景内容比较丰富，我们分成两期定量蛋白质组学非标记定LabelFree定量蛋白质组学技术研究蛋白互作的背景进行介绍。本期我们接着说蛋白-蛋白互作方法的研究背景。 蛋白互作方法的研究背景 免疫印迹或免疫沉淀逐渐转向使用质谱法进行样本中的蛋白质定量，同时，也可使用该方法进行蛋白质鉴定。质谱法为高度复合的定量分析创造了条件，为它们的快速发展提供了条件，无需考虑费时的基于抗体的方法。LC-MS/MS还促进了研究人员对

在介绍定量蛋白质组学非标记定量法研究蛋白互作的方法之前，小编得先给大家介绍一下蛋白-蛋白互作方法的研究背景。 蛋白互作方法的研究背景 要了解蛋白质在细胞内的功能，需要分析它们与其他分子之间的相互作用，包括与其他蛋白质的相互作用。虽然许多蛋白质-蛋白质相互作用基本上是组成性的，例如那些参与诸如核糖体等分子机制的组成间的相互作用，也有许多相互作用是以条件依赖的方式进行调节的，包括那些由翻译后修饰调节的相互

本期接着上期内容，继续给大家介绍基于MS/MS的数据非依赖法非标记定量蛋白质组学蛋白质互作分析。 TOF仪器上使用SWATH™采集的MS/MSALL和四极轨道飞行器上的DIA复用等方法，似乎克服了部分限制，并以足够的速度提供阶梯式隔离窗口，以覆盖目标复合质量范围。 与SRM等已建立的方法相比，这些方法保持化合物特异性的能力仍然存在疑问。对于确定肽SRM数据的独特离子特征的一系列尝试表明，使用低分辨率检测扫描进行预测可能不合适，高分辨率检测

本期接着上期内容，继续给大家介绍基于MS/MS的数据非依赖法非标记定量蛋白质组学蛋白质互作分析。 如之前文章里所述，尽管我们这里将其归为数据非依赖方法，但SRM和衍生物是需要已知化合物和跃迁列表的目标性方法。这种目标性意味着随着假设的发展，样品需要再分析以锁定不同的目标化合物。在许多情况下，正在分析中的样本要么产生成本高，要么不可替代，因此测试新假设目标不太可能。因此，需要用能够检测所有化合物碎片离子的方法来

具有液相色谱LC前端的串联质谱MS，特别是三重四极质谱（也称为“串联”）质谱（LC-MS/MS），这种仪器在过去的十几年里逐渐取代了GC-MS和单四极质谱检测器（LC-MS），成为目前质谱实验中用到的主要仪器之一。 液相色谱质谱联用技术LC-MS/MS仪器包括（i）大气压电离源，通常为ESI源（图1B）或大气压化学电离源（图1C），由（ii）离子入口和聚焦组件（Q0）耦合，提供从大气压到真空的转换和离子聚焦，进入（iii）第一质量过滤装置（Q1），接着进入（iv

本期接着上期内容，继续给大家介绍基于MS/MS的数据非依赖法非标记定量蛋白质组学蛋白质互作分析。 利用MS3分析过程中产物离子的后续碎片化对SRM方法进行扩展。这一方法可用于增强目标化合物的选择性。MS3在降低Fortin等人所述的肽分析检测限方面发挥了巨大作用。然而，该方法的使用也存在一些限制，执行MS3扫描所需的时间减少了可监测的肽的数量和/或LC峰上的点的数量，且分析时间比SRM基本分析所需的时间要长。 SRM方法的限制是对建立方法的

本期接着上期内容，继续给大家介绍基于MS/MS的数据非依赖法非标记定量蛋白质组学蛋白质互作分析。 随着混合技术的发展，SRM测量在蛋白质组学中的使用更为广泛。混合技术可以从SRM信号中获取高质量的MS/MS光谱。混合质谱扫描方法的结合提供了以高置信度进行测量的能力，能够对大量蛋白质进行定量分析。这些研究都表明，SRM提供的测量结果在一系列样本和较长时间内都是一致且精确的。在采用SRM作为稳健量化方法的关键步骤中，CPTAC对SRM分析进

上几期文章中，小编给大家介绍了基于MS强度或计数的数据依赖法，本期开始，小编给大家介绍的是基于MS/MS的数据非依赖法非标记定量蛋白质组学蛋白质互作分析。 在基于肽的非标记定量蛋白质组实验中，提高分析的精确性已经成为一种趋势，诸如“检测限”和“定量限”等术语现在已被广泛使用。MS/MS定量方法（如选择性反应监测（SRM）提供的数据比直接的母体离子测量具有更高的特异性和选择性。此外，用于药物分析的数据处理技术使得基于质

从头测序软件lutefisk有人会吗?能介绍介绍吗

尿液是血液经肾小球滤过、肾小管和集合管重吸收、排泄及分泌产生的终末代谢产物，其组成、数量与性状的变化携带有泌尿系统疾病发生、发展及预后的各种信息，也可反应机体整体代谢状态，与血清等其它体液样本相比，其获取无创、收集便利，并且蛋白组成相对简单、易于分析。长期以来,肾脏病及其他泌尿系统疾病的诊断和治疗研究进展缓慢,鉴别诊断通常只能依靠细微的组织病理学改变,使得早期诊断、预后追踪以及疗效观察都十分困难.尿蛋

5、丹宁酸法蛋白质定量分析 丹宁酸用来沉淀蛋白质，但沉淀结构松散。可用Caiilne取代蛋白、蛋白游离出后用免疫法或空氮法测定，但此法操作麻烦，加FeCl3与丹宁酸蛋白沉淀反应显色，5min后在510nm比色，0.1mol的丹宁酸可结合0.333ug白蛋白、灵敏度达5ml`L-1,线性范围为0.05~1.8g`L-1。 6、浊度法蛋白质定量分析 利用沉淀剂与蛋白质反应所产生的浊度与标准溶液浊度比较而定量测得未知蛋白浓度的定量分析法。磺基水杨酸和三氯化铁是常用的蛋白质沉淀剂。30g

1、凯氏定氮及分光光度法蛋白质定量分析 利用蛋白质含氮量进行检测的经典方法，定量精准，但操作繁琐，仅用于标定蛋白质标准品和校正其他测定方法。凯氏定氮法有半微量法、微量法及全量法。样品与H2SO4一同加热消化，分析有机物，释放出的NH3与结合，碱化蒸馏使氮游离，硫酸吸收，HCI或H2SO4标准溶液滴定，从而计算蛋白质的含量。该方法是以Hantzsch反应为原理所建立的一种测试蛋白质含量的新分光光度法。适用于各类食品中蛋白质的测定，且

蛋白质质谱技术是研究蛋白质组学中前沿的一项技术，它通过蛋白酶将蛋白质酶切消化后形成肽段混合物，在质谱仪中将其电离形成带电离子，并通过特定的质荷比（m/z），进而形成一级和二级质谱，从而定量和鉴定蛋白。目前定量蛋白质组学技术主要分为标记（Label）和非标记的（Label Free）定量策略，其中标记策略又分为体内标记（如 SILAC、15^N 标记），以及体外标记（如 iTRAQ、TMT 标记）。 质谱技术尤其是“软电离源”技术——电喷雾和基质辅助

Pull-down技术可利用高度纯化且富集的诱饵蛋白捕获在细胞中相互作用较弱或丰度低的互作蛋白，大幅度提高发现新互作蛋白的效率。Pull-down互作蛋白质谱鉴定实验的具体步骤为：表达纯化GST、polyHis或Biotin标记的诱饵蛋白，使用固定化亲和配体将诱饵蛋白与固相基质稳定结合，再将诱饵蛋白与待测细胞裂解液进行混合孵育，在这一过程中，诱饵蛋白与互作蛋白相互作用并结合在一起，通过清洗除去非特异性结合的杂蛋白，即可获得与诱饵蛋白相互作用

百泰派克生物科技采用超高分辨率质谱技术，基于Thermo Fisher公司的Q Exactive质谱仪、LTQ Orbitrap Elite质谱仪、Orbitrap Fusion™ Lumos™ Tribrid™ 质谱仪，以及AB SCIEX公司的6500 Q TRAP质谱仪，结合 Nano-LC液相色谱技术，能够对蛋白质提取物、SDS-PAGE蛋白条带、2D蛋白胶点、pull-down及co-IP等样品中的蛋白质进行高效精准鉴定。对于单一蛋白质和简单蛋白混合物的鉴定，我们保证100%的鉴定率，否则不收任何费用。 活动详情 活动项目：蛋白分子量测定、 基于SDS-PAGE的蛋

平行反应监测（ Parallel Reaction Monitor-ing, PRM）是一种基于高分辨、高精度质谱的离子监视技术，能够对目标蛋白质、目标肽段（如发生翻译后修饰的肽段）进行选择性检测，从而实现对目标蛋白质/肽段进行绝对定量。PRM技术首先利用四级杆质量分析器（如Orbitrap系列）的选择能力，用Q1选择目标肽段的母离子；随后在collision cell中对母离子进行碎裂；最后利用高分辨、高质量精度分析器在二级质谱中检测所选择的母离子窗口内的所有碎片的信息。可对复

MRM技术流程（图片来源：百泰派克生物平台） 质谱多反应监测MRM蛋白鉴定技术作为一种高特异性、高灵敏度的质谱数据获取方式，在进行蛋白质组学更具针对性的研究中发挥了重要作用，受到很多研究者们的关注。 质谱多反应监测MRM蛋白鉴定技术是基于已知信息或假定信息设定质谱检测规则，对符合规则的离子进行信号记录，去除大量不符合规则离子信号的干扰，从而得到质谱信息的一种数据获取方式。具体地说，即使根据多肽母离子质量数和碎片

常见的植物激素有五大类，包括生长素、细胞分裂素、赤霉素、乙烯和脱落酸。 1. 植物激素：生长素IAA 生长素，又称吲哚-3-乙酸(Indole-3-acetic acid, IAA)，是发现最早的一类植物激素，主要来源于植物叶原基、嫩叶、胚胎、花和种子。生长素在细胞之间的运输主要依赖于血管周围的薄壁组织，并伴随着ATP能量消耗。植物生长素IAA的运输属于极性运输，只能从上向下运输。对于茎部来说，生长素的极性运输方向是由茎尖运向茎基部，即向基运输；对于根部

非标记定量Label-free定量蛋白质技术是通过液质联用技术对蛋白质酶解肽段进行质谱分析，无需使用同位素标签做样本标记，只需分析大规模鉴定蛋白质时所产生的质谱数据，比较不同样品中相应肽段的信号强度，从而对肽段对应的蛋白质进行相对定量。 非标记定量Label-free定量蛋白质技术原理 非标记定量Label-free定量蛋白质认为肽段在质谱中被检测的频率与其在样品中的含量成正相关，因此通过适当的算法，可以将肽段检测计数与蛋白质含量对应起来

同位素标记相对和绝对定量isobaric tags for relative and absolute quantitation（iTRAQ）技术是美国AB SCIEX公司于2004年推出的一种全新的体外同位素标记的相对与绝对蛋白组定量技术。定量蛋白组学是蛋白质组学的一个重要组成部分，即对一套基因组表达的全体蛋白或某一复杂的混合物体系中所有蛋白质进行定量和鉴定。 同位素标记相对和绝对定量iTRAQ蛋白质组学定量实际上是一种同位素标记试剂，可与氨基连接的胺标记同重元素。目前有两种主要使用的iTRAQ试剂

质谱分析软件是用于采集数据、分析或展示质谱分析的软件。在蛋白质质谱中，串联质谱（也称为MS/MS或MS2）一般用于蛋白质/肽鉴定。肽鉴定算法分为两大类：数据库搜索和从头搜索。前者针对包含假定存在于样品中的所有氨基酸序列的数据库进行搜索，而后者则是在不了解基因组数据的情况下推断出肽序列。 数据库搜索软件 软件类型介绍 Andromeda (MaxQuant的一部分) 免费软件 Andromeda是一个以概率评分为基础的肽搜索引擎，由德国麻普所的Jürgen Cox等人

在蛋白质质谱中，串联质谱（也称为MS/MS或MS2）一般用于蛋白质/肽的鉴定。肽鉴定算法分为两大类：数据库搜索和从头搜索。前者针对包含假定存在于样品中的所有氨基酸序列的数据库进行搜索，而后者则是在不了解基因组数据的情况下推断出肽序列。 接着前两期给大家介绍的数据库搜索软件、头测序软件和同源性搜索软件、MS/MS肽定量分析软件，这期我们来说说其他不常见的分析软件，快来看看你用过哪些吧。 Name Type Description TopFD 开放软件 TopFD（

在蛋白质质谱中，串联质谱（也称为MS/MS或MS2）一般用于蛋白质/肽的鉴定。肽鉴定算法分为两大类：数据库搜索和从头搜索。前者针对包含假定存在于样品中的所有氨基酸序列的数据库进行搜索，而后者则是在不了解基因组数据的情况下推断出肽序列。 接着上期的数据库搜索软件，这期我们来说说从头测序分析软件和同源性搜索软件。 从头测序软件 肽从头测序算法一般是基于Bartels等人（1990年）提出的方法。 软件类型介绍 CycloBranch ：开放资源 一种

在蛋白质质谱中，串联质谱（也称为MS/MS或MS2）一般用于蛋白质/肽鉴定。肽鉴定算法分为两大类：数据库搜索和从头搜索。前者针对包含假定存在于样品中的所有氨基酸序列的数据库进行搜索，而后者则是在不了解基因组数据的情况下推断出肽序列。 接着前两期给大家介绍的数据库搜索软件、头测序软件和同源性搜索软件，这期我们来说说MS/MS肽定量分析软件。 软件类型介绍 MarkerView Software 自营 一款用于代谢组学和蛋白质组分析的定量质谱数据集统

蛋白质质谱分析要求溶液或固态蛋白质在注入加速电场或磁场中进行分析之前，必须先在气相中将他们转变成离子化形式。蛋白质电离的两种主要方法是电喷雾电离（ESI）和基质辅助激光解吸/电离（MALDI）。在电喷雾中，离子是由溶液中的蛋白质产生的，它使易碎的分子完整地电离，有时保留非共价相互作用。在MALDI中，蛋白质通常以固体形式嵌入基质中，而离子是由激光脉冲产生的。电喷雾比MALDI产生的多电荷离子更多，从而可以测量高质量蛋白质

蛋白质质谱分析技术可应用于蛋白质鉴定、蛋白质从头测序、蛋白质定量分析、蛋白质结构鉴定、蛋白基因组学等多个应有领域。 蛋白质鉴定 用质谱鉴定蛋白质主要有两种方法。肽质量指纹谱分析，通过输入蛋白水解肽的质量作为搜库参数对未知蛋白进行分析，数据库可以通过已知蛋白质建立。如果数据库中的蛋白质序列与实验值匹配的预测质量显著相关，则表明该蛋白质存在于原始样品中。因此，纯化步骤限制了肽质量指纹图谱方法的通量。肽质

质谱法是准确测定蛋白质质量和表征蛋白质的重要方法，根据各种用途，目前市场上已开发出了多种鉴定方法和鉴定仪器，可应用于包括鉴定蛋白质及其翻译后修饰、蛋白质复合物、它们的亚基和功能的相互作用，以及蛋白质组学中蛋白质的整体测量。质谱法也可用于定位各种细胞器中的蛋白质，并鉴定不同蛋白质之间以及膜脂之间的相互作用。 蛋白质质谱分析步骤图解（图片：百泰派克提供） 质谱法中用于蛋白质电离的两种主要方法是电喷雾电离

质谱（mass spectrometry, MS）是一种电离化学物质并根据其质荷比进行排序的分析方法，其结果通常以质谱图的形式呈现，带电原子、分子或分子碎片按质量的大小顺序排列。 一级质谱和二级质谱有什么区别? 一级质谱鉴定的方式主要指肽指纹图谱(peptide-mass mapping, PMF)，即利用质谱仪精确测量酶解片段的分子量并通过搜库比较对蛋白质进行鉴定，二级质谱是在一级质谱的基础上再选择部分肽段做进一步的破碎并对碎片进行深入分析和比较，鉴定出该肽段的

蛋白质定性定量分析（图片来源：百泰派克生物平台） 随着质谱技术的飞速发展，利用质谱技术进行蛋白质（组）的定性和定量分析得到更为广泛的应用和研究。 1. 蛋白质定性分析：确定样品中是否有蛋白质存在，以及存在的是何种蛋白质。 蛋白质定性分析通常是指利用质谱法进行蛋白质鉴定和序列分析。蛋白质定性分析分为top-down分析和bottom-up分析两种策略。目前，bottom-up分析策略被更广泛的应用于蛋白质定性分析工作。 Bottom-Up（自底向上）和To

基于质谱的蛋白质胶条/混合液鉴定 定义：利用LC-ESI-MS/MS蛋白鉴定技术对胶条样本（即SDS-PAGE样本）、IP、Co-IP、Pull-down等纯化溶液等复杂样本进行蛋白鉴定。 基于MALDI-TOF/TOF的蛋白质胶点鉴定 定义：利用MALDI-TOF/TOF蛋白鉴定技术对考/银染的2D或DIGE胶点样本或者较纯的蛋白样本进行蛋白鉴定。 MALDI-TOF/TOF（Matrix-Assisted Laser Desorptiob/Ionization Time of Flight Mass Spectrometry，基质辅助激光解析电离飞行时间质谱）MALDI的原理是将样品均匀包埋在基质中，基质吸收激光

网上搜索“抗体从头测序”，搜索结果会展示一长串的资源和服务。关于该技术的描述太多了，有很多描述都大同小异。小编想借此文给大家说说我们为什么需要抗体从头测序以及如何进行抗体从头测序。 抗体从头测序的分类 抗体从头测序是根据抗体样品种类进行区分的。我们通常根据抗体的“克隆性”（ clonality）来描述抗体样品。克隆性是指样品中存在的不同抗体序列或遗传系谱的数量。 单克隆：样品中包含具有相同序列的抗体。单克隆性是进

蛋白质鉴定是一个根据目的蛋白的氨基酸序列来确认该目的蛋白名称的过程。通常，仅需鉴定蛋白质的部分序列，即可参考根据基因的DNA序列推导出的蛋白质序列数据库来鉴定对蛋白质进行鉴定。更深层次的蛋白质表征包括鉴定蛋白质的N端和C端，鉴定序列变异以及存在的所有翻译后修饰。 一种基于质谱的蛋白质鉴定的通用法： 基于质谱的蛋白质鉴定（来源：百泰派克生物） 1. 通过SDS-PAGE或色谱法分离目的蛋白。 2. 分离后的目的蛋白进行化学修饰以

蛋白质鉴定在日常生活中常见通过灼烧的方法进行鉴定鉴定，也包括使用化学试剂进行生化反应来鉴定蛋白质等定性方法。在生物学研究中，经常会遇到一些关于蛋白质鉴定的问题，如单一蛋白质或者简单混合物的鉴定；对单一蛋白质的序列分析等。这一类蛋白质鉴定方法，在精密度要求较高，基于质谱的蛋白质鉴定方法应用最为广泛。 基于质谱技术的蛋白质鉴定常见使用的质谱仪包括Thermo Fisher的Q Exactive质谱仪，LTQ Orbitrap Velos质谱仪，以及AB SCIEX的6

MRM/PRM定量技术是通过选择目标蛋白质的定量代表性肽段，让质谱仅对这些肽段进行质谱信号采集，从而获取目标蛋白质定量信息的质谱技术。利用该技术既可实现样品中靶标物质的相对定量，又可通过合成同位素标准肽段，绘制标准曲线，实现蛋白质的绝对定量。百泰派克公司采用AB SCIEX TripleTOF 5600，AB SCIEX Triple Quad™ 5500，Q Exactive, Fusion质谱平台结合Nano-LC，提供MRM/PRM靶向定量蛋白组分析服务技术服务。 MRM是一项经典的靶向蛋白质组检测技术，也是

蛋白质测序的一般流程 蛋白质测序通常包括三个步骤： 1. 用酶将蛋白质酶切成长度较短的多肽； 2. 对产出的每段多肽进行测序； 3. 将测出的肽序列组装形成一条完整的蛋白序列。 下图阐述了用质谱法进行蛋白质测序的整个过程： LC-MS / MS蛋白质测序步骤图（来源：百泰派克） 蛋白质质谱测序中的的挑战和应对方案 蛋白质质谱测序（即利用质谱法进行蛋白质测序）并不是什么新的概念，然而，这个概念里看似简单的步骤在实践操作过程中却有很多挑

2003年，Ma等人开发了PEAKS。PEAKS是用于解析肽图谱的一种串联质谱蛋白质组学软件，可用于基于串联质谱的肽测序，蛋白质鉴定和蛋白质定量。他们在PEAKS方法中运用了新的从头测序模型和算法，分为四个步骤。第一步将图谱进行预处理，即图谱噪声过滤和图谱峰聚合；第二步是在简化后的图谱中根据母离子质量列举出所有可能的候选肽段；第三步和第四步为综合打分的差异分析以及分值正则化。 PEAKS蛋白质从头测序技术一般通过肽从头测序辅助的数据

蛋白质测序是确定全部或部分蛋白质或肽的氨基酸序列的实际操作程序。蛋白质测序也可以用来鉴定蛋白质或表征其翻译后修饰。通常情况下，蛋白质的部分测序就可以提供足够的鉴定信息（一个或多个序列标签）。 蛋白质测序的两种主要直接方法是质谱法和使用蛋白质测序仪（测序仪）进行的Edman降解法测序。目前使用最广的蛋白质测序和鉴定方法是质谱法，而Edman降解则是表征蛋白质N端最重要的方法之一。 确定蛋白质的氨基酸组成 通常我们希望

2003年，Ma等人开发了PEAKS。PEAKS是用于解析肽图谱的一种串联质谱蛋白质组学软件，可用于基于串联质谱的肽测序，蛋白质鉴定和蛋白质定量分析。他们在PEAKS方法中运用了新的从头测序模型和算法，分为四个步骤： 第一步将图谱进行预处理，包括图谱噪声过滤和图谱峰聚合； 第二步是在简化后的图谱中根据母离子质量列举出所有可能的候选肽段； 第三步和第四步为综合打分的差异分析以及分值正则化。 PEAKS蛋白质从头测序技术一般通过肽从头测序辅