西元4015年，“人类补完计划”实行2000年后。
人类科技再次达到顶峰，2000年前的“人类补完计划”只不过是口传的神话而已。最近，考古学家在第三新东京市遗址中发现了一个类似“黑匣子”的东西，经破译，这是当时一个被称为“使徒”的智能生物留下的，这就是——第三使徒日记
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ADAM和LILITH去蓝星已经有三个月了，至今还没有回来，也丝毫没有与我们联络，难道说是出了事？昨天长老会决定让我去找他们回来明天就出发。
注：使徒的时间概念与人不同“三个月”相当于地球上十五年。蓝星即地球。
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地球上的水真多，连成一个大湖，我一降落就掉了进去，如果是Gagiel和Sandalphon一定会很高兴吧（这两个水生动物！）。不过那儿的水是咸的，还有点的苦。那个大湖怎么也看不见岸边。我挺喜欢这个星球，四周都好平静，住在这儿的生物也一定很和平吧？要是能一直呆在这儿就好了。
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我感受到了ADAM和LILITH对我的呼唤，虽然很微弱，但确实是他们，我向信号来的方向游去。这儿的水越来越浅，水下还有城市。但不知为什么都很小。凭经验，应该快到这个大湖的岸边了。
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终于到了这个大湖边缘，岸上有许多这个星球的生物。但它们似乎很不欢迎我，甚至可以叫讨厌我。它们向我发射电光，用巨大的会飞的铁棒砸我，还制造出团团火焰，虽然它们对我的攻击并没有成效，但我可以感觉到它们想驱逐我，不，是想杀掉我。
我反击了，我并没有敌意，但它们却一再进攻，这实在是太过分了，我无法再容忍下去了。它们的飞行器怎么都有飞走了，怕我了吗？我应该去找ADAM和LILITH了。和这群比我小几十倍的生物浪费了太多时间。
这时，我眼前白光一闪……
可恶！竟用爆炸来对付我。我到底犯了什么错竟要受这种罪？
这群可怕的生物太好战了，唉哟！好痛啊！还要过一段时间才能完成自我修复……什么？竟派飞行器来监视我。别小看我，摧毁它的力量我还是有的。