光绪十八年（1892），虚云和尚接受戒师妙莲的临济衣钵，成为临济宗第四十三世。同时，他又在耀成和尚座下承嗣曹洞宗法脉，为曹洞宗第四十七世。民国二十一年（1933），虚云和尚又应福建长汀八宝山青持明湛和尚之请，遥接了法眼宗祖师良庆和尚法脉，为法眼宗第八世。民国二十二年（1934），受湖南沩山宝生和尚与长沙郭涵斋居士之请 ，应允远承兴阳词铎禅师所传沩仰宗法脉，成为其第八世。民国三十二年（1943），重振南华祖庭工程告竣，虚云和尚受李济深、李汉魂、邹洪诸公之请主持云门大觉禅寺的重修工作，其间，他又遥承己庵深静禅师法脉，是为云门宗第十二世。

虚云老和尚不仅承嗣了禅宗的五宗法脉，而且也继承了五宗的宗旨和家风。这在《岁朝寓香山寺监院请上堂》有记载：
　　乃举僧问演禅师：“如何是临济下事？”祖云：“忤逆闻雷心胆战。”问：“如何是云门宗事？”祖云：“红旗闪烁阵云开。”问：“如何是沩仰宗事？”祖云：“断碑横古路。”问：“如何是曹洞宗事？”祖云：“持书不到家。”问：“如何是法眼宗事？”祖云：“夜巡不犯禁。”惟我临济门庭，全机大用，向剑刃上求人，电光中垂手，倘遇俊流，不留朕迹，掀翻露布，截断葛藤，当轩宝剑，觌面呈堂，滞壳迷封，不堪种草，且如何是临济下事？振威一喝： “下座。”
　　众所周知，禅宗流传到明清之际，只有临济和曹洞二宗法脉犹存，其余的云门、沩仰、法眼三宗均无法嗣记载，虚云老和尚远嗣了禅宗五家的法脉，不仅只有象征意义，而且有继绝开新的意义。文中关于临济“全机大用”的记载，表明了虚云老和尚对临济宗的首嗣之功。

为光大宗门，虚云老和尚清理五宗源流，在《校正星灯集》中附录各派源流，并为临济宗续演派法字。文曰：
　　慈悲喜拾，大雄世尊。
　　惠泽含识，誓愿弘深。
　　苍生蒙润，咸获超升。
　　斯恩难报，克绍考勤。
　　导实义谛，妙转嘉音。
　　信解行慎，彻无边中。
　　回向诸有，完最上乘。
　　昭示来哲，冀永长崇。
　　附号派八十字，如取法名。名派取演字，字派取古字。文曰：
　　古佛灵知见，星灯总一同。
　　冥阳孰殊异，万化体皆容。
　　镜鉴群情畅，碧潭皎月浓。
　　随缘认得渠，纵横任西东。
　　显密三藏教，禅律阴骘丛。
　　修契幻华梦，应物悉玲珑。
　　怍悛奋悠志，宝珠自莹瑛。
　　严奉善逝敕，杲日满天红。

虚云老和尚为诸宗继演的法派号，今天仍为禅宗丛林所奉行。据现有的不完整资料，虚云老和尚所传曹洞宗法嗣有宽贤、复彻等人，再传法孙有惟因、今果等数十人。所传法眼宗法嗣有本智、本观等，再传法孙有灵意、寂照等人。所传临济宗法嗣有海灯本明、观本明一等人，再传法孙有一诚常妙、瑞觉常亮等数十人。所传云门宗法嗣有妙道朗耀、妙定宽度、妙宗净慧、妙慈法云等人。所传沩仰宗法嗣有宣法自寿、宣化度轮、宣成达定、宣扬性福、宣玄圣一、宣云满觉、宣传月川、宣明心明等人，再传法孙有衍心一诚、衍妙戒全、衍悟悟圣等数十人。现在虚云老和尚所嗣诸宗法脉代相传承，已有三、四世之多。

1943年冬，南华寺修建甫毕，发愿重兴云门宗祖庭乳源云门山大觉禅寺，经十年擘画 ，新建殿堂一百八十余楹 ，塑佛像八十余尊。
　　虚云老和尚在时局动荡、社会巨变的情势下，始终坚持他护教利生的悲愿，能综观佛教全局， 积极投入佛教社会活动。
　　辛亥**后，虚云老和尚从鸡足山赴上海，参与佛教总会成立事宜，维护佛教权益。还拟办佛学院、布道团、医院， 开展慈善救济事业。重兴南华寺时，适值日军侵华，虚云老和尚提议全寺僧众每日礼忏二小时为全国军民消灾祈福，全体减省晚食，节积余粮以献助国家赈济灾民。1942 年，应重庆国民政府之请，赴重庆主持“护国息灾法会”。1946 年秋，又应请前往广州六榕寺主持水陆法会，追荐抗战阵亡将士。


虚云老和尚还对佛教的“性戒”和“遮戒”的关系作了深入的探讨，以说明僧人持戒与佛陀制戒的正确关系。佛法戒律本是从印度等地传来的，但中国与印度的国情有相同之处，也有相异之点，所以，要懂得因时制宜，种种妙用。他说：
　　关于戒律有一件很重要的事情，要向诸位说明的。戒本中有自手掘地，及自手绩纺等戒。我们现在耕田织布，是不是犯戒呢？我们要知道，佛所制戒，有性戒和遮戒两种。首篇波罗夷罪是性戒，此是根本戒，犯者不通忏悔，其余大都是遮戒，犯者可以忏悔。又有轻重开遮等别，研寻律藏便知。性戒者，体是违理，无论佛制与不制，若作均犯罪，如杀盗等是。遮戒者，佛未制前造作无罪，自制以后，若作方成犯，如掘地纺织等。佛所以制遮戒，有各种原因，都是因地制宜，因事制宜，或因时制宜的。如掘地纺织等戒，是因避世讥嫌而制。因当日印度社会，以乞食乞衣，一心修道为出家人本分事，若自己营谋衣食，便招世讥嫌，佛因之制此等戒。但社会制度和风俗习惯各处不同，必须因地因事因时以制宜，决不能墨守绳法。故《五分律》中佛说：“虽我所制，于余方不为清净者，则不应用；虽非我所制，于余方必应行者，不得不行。”故当日百丈祖师，以中国与印度环境不同，已有“一日不作，一日不食”之美举。佛如降生此时此地，决不会制掘地纺织等戒的。所以我们耕田纺织，并不是犯戒的事情，望诸位于修持中，切不可废劳动；于劳动中，也不可忘修持，两者是可以兼行并进的。由此可见，我们对于受持遮戒，贵在遵循如来制该戒之本意，不在于死守条文。若得佛意，虽与条文相违，亦名持戒；若不得佛意，虽遵守条文，亦成犯戒。但亦切不能以此藉口，而将如来所制戒律，一概抹杀。各宜深入律藏，神而会之。
　　按照虚云老和尚的解释，佛教的戒律有“性戒”和“遮戒”两种，其中的性戒是佛教的根本戒，属于原则性的方面，是不容许违背的；而遮戒则是佛教戒律的灵活性方面，可以因时制宜或因地制宜，其根据就是《五分律》中的“虽我所制，于余方不为清净者，则不应用；虽非我所制，于余方必应行者，不得不行”。虚云老和尚指出，百丈怀海的“一日不作，一日不食”表面上违背印度佛教的戒律传统，但是，中国佛教强调僧人的自食其力，是中国佛教根据中国的国情需要而改造印度佛教戒律的结果，仍然“贵在遵守如来制该戒之本意，不在于死守条文”。因此，在百余年的参学习禅过程中，虚云老和尚既注重于禅修理论与实践的探讨，又长期坚持率僧众弘扬百丈祖师所倡导的“农禅并重”家风。在主持福建鼓山涌泉寺、广东韶关南华寺、乳源云门寺及江西云居山真如禅寺等祖庭名刹时，虚云老和尚亲率僧众严守禅堂规矩，坐长香，每人每日至少有四至八支的养息香，每年在适当的时候举行禅七。与此同时，他率僧众出坡劳作，实践“一日不作，一日不食”的祖训。在恢复云门祖庭时，虚云老和尚从对当时社会环境的观察分析出发，教导僧众“今后佛教要不被淘汰，僧伽经济必须在劳动生产之条件下，自给自足，以谋解决，始克有济”。他在云门主持开办“大觉农场”，制订《农场组织简章》，要求常住僧众除担任总管、副管理以及六十岁以上身体衰弱确实不能任劳者外，一律都要参加农事劳作。后来，看到因避日寇铁蹄而流落至广东韶关的四众弟子甚多，为谋生计，虚云老和尚又因地制宜地主持在市内大鉴寺开办纺织厂，带领大家从事劳作，自食其力。