然而,面对着明末农民大起义的燎原之势和清军的步步进逼,从巩固明朝的根本立场出发,最终还是放弃个人打算,于崇祯十三年(1640)六月,出任浙江绍兴府司理,寻兼摄诸暨知县。在官之日,由于他的辖区连年水患成灾,饥民蜂起,为了维护地主阶级的长远利益,他刚柔并用,剿抚兼施,一边“力行保甲,设互首之法,申连坐之令”,镇齤压饥民起义;一边亲司赈事,救济饥民,立粥厂,设药局,养老幼,医病疾,收死骨。十五年(1642)五月,在浙江巡抚董象恒节制下,陈子龙督抚标兵千余人到浙江遂昌县,积极参加浙、赣、闽三省会剿,镇齤压多年来活动在三省交界处的福建汀州人邱凌霄父子为首的山民起义。事平论功,陈子龙得增俸。十六年春,李自成起义军破承德,南京大震。他受董象恒委派负责筹划军备,在余杭等地筑关建台,整修城池,铸炮储硝,并督运军粮入南京。崇祯十七年初,陈子龙因招抚浙江东阳县诸生许都起义有功,授兵科给事中。许都出身官僚家庭,富而任侠好施,原为陈子龙的旧友。陈子龙曾经数次荐之上官,不用。关于这次许都起义的原因和经过,有两种说法。一曰,东阳知县姚孙裴贪酷成性,借口备兵,横征暴敛,坐许都万金。许都乞免,不得。适义乌县奸民假中官之名招兵事发,孙棐遂诬许都与此有关,“结党谋逆”,于是急忙使人捕之。时,会许都葬母山中,有万人参加。有人以此报告官府,云许都反矣。孙棐遂遣兵捕之。许都被激起而反之,用孝布包头,号“白头兵”,以“诛贪吏”为号召。旬日之间,众至数万,连下兰溪、东阳、义乌、武义、浦江,进围金华,全浙大震。一曰,是年明末农民起义军入江西,许都练兵自卫,姚县令斥其不法,许都馈其千金仍不能解,且说许都隐匿吴昌时赃银十万两,是应输官。许都惧祸不能免,偕友人入县衙门。令怒责之,且欲置之狱。许都等遂先发制人,执县令,鞭数十,然后反其道而行之,将县令关入监狱,封府库,聚众反矣。但许都投降后,由于浙江巡按左光先不顾陈子龙的再三要求,违背当初许下的只要许都自缚来降,“当待以不死”的诺言,在许都率众出山投降之后将许都及部众六十余人杀死。对此,陈子龙很是不满;又闻祖母病甚笃,便没有去赴任,于三月乞身归里。