20世纪50年代早期，因位于清华大学东侧的京包线往北至清河的一段铁路线东移，清华园火车站由原站址向东南方向搬迁至新站址。新的清华园火车站位于四环路南侧，北京航空航天大学附近。在后来建设的北京地铁十三号线高架段旁边。
为了配合北京市郊铁路S2线（开往八达岭、延庆方向）开行，2008年清华园火车站站台改造为高站台。由于此段铁路仍为单线铁路，清华园火车站可供客运列车待避市郊列车。
为了配合京张高铁的修建，自2016年10月31日末班车止，清华园站停止办理客运业务。

31号的末班票瞬间就被别人抢空了您们知道吗？