除却机能导致的画面问题，Fc版本与sfc原版对比:
1、砍掉了sfc版大部分关卡。
2、保留的关卡里砍掉了一部分敌人和陷阱，比如鬼屋里的大鬼魂和boss战，海底关的睡觉鱼、城堡里的大木桩，以及强制卷轴关。
3、坐骑只保留了绿色耀西。
4、sfc版城堡关的四只犀牛boss被删成三个犀牛。
5、部分关卡音乐与sfc版不同，比如原创的第二关音乐。实际上原创的那首音乐个人感觉比较“恐怖”，代替了sfc版第二关较为欢快的音乐。另外还删了sfc版第三关音乐，使用片头的音乐代替。
6、fc版本由著名非官方小组悍马移植制作，最令人佩服的就是高度还原了sfc版海底关的动态海藻背景以及配色，还有鬼屋的背景也还原的很好。
7、钥匙跳关系统被砍。
总体来讲，fc版可以说是穷人特供，对当年买不起sfc的人来说是珍宝，因为sfc版最基本的要素都保留了，fc玩家能在自己的机子上爽一爽。
可惜这卡非常少有，而且价格不菲，在九十年代能遇上可以说是很有缘分的了。

Md版本和sfc版的区别:
1、标题为“超级马里奥世界64”
2、直接砍掉大地图选关系统，改为直接过关。
3、直接砍掉森林关、海底关、鬼屋关、黑夜森林关、天空关等关卡类型，并只保留sfc版1/30不到的关卡数量。
4、疑似直接砍掉耀西坐骑系统（可能是楼主没找到耀西，如果大家找到请告知）
5、没有过关音乐。
6、最终boss不是库巴的飞船，而是一只踩几下就死的大铁球。

7、砍掉了两个城堡boss:四只犀牛和踩地鼠。由于没有鬼屋关，因此相关的所有boss直接砍掉