邓汉仪生活于明清易代之际，与所有的汉族知识分子一样，异族的入主，政权的更替给他的身心造成了前所未有的冲击并产生沉重的感情负担，艰难而痛苦的抉择很残酷地摆在他面前，无法回避。他的青年时代是明代度过的，明亡时二十八岁，思想基本成熟，自然有着传统的忠孝节烈观。但与钱谦益、龚鼎孳等前朝重臣不同的是，他在明朝仅为一诸生，尚未取得功名，更没有做过官，因而入清后有较宽松的进退出入的空间。他可以进，出仕新朝，追求个人前程。当时这样做的不乏其人，他们并没有受到世人多少谴责，自身也没有多大的思想压力，因为根本不存在“一臣不事二主”的大节问题。他也可以退，归隐田园，但必须以牺牲前程为代价。当时这样做的人也不少，他们放弃诸生籍，从此远离科场，受到世人的称道。邓汉仪选择了后者。然而这种选择对邓汉仪来说是很无奈的，他并不是一个完全看淡功名的人，也有较强的用世之心。
崇祯八年（1635年）补博士弟子员，十二年举乡试未售，次科又因患足疾不能入闱。在明、清两代，没有功名也就进不了仕途，更谈不上施展自己的专利才华和抱负，为此邓汉仪常常怀有郁郁失志之感。他在崇祯十七年《咏怀》诗中写道：“少壮失功名，穷苦何所支。田园非我志，终当事边陲。虽无能，鞠躬素所期。年齿忍虚掷，强饭需清时。”“少年弄笔墨，从容文史场。失志于有司，拥书走四方。……嗟予方种薤，不获厕庙堂。追论兴废事，披衣夜彷徨。何忍居江东，关雒无与匡。”从诗中可以看出，邓汉仪是怀有匡世扶危之心的，但科场失意，不得为朝廷所用，可谓报国无门。然而让他去追求满清的功名，为朝廷效力，总觉得此心难昧，毕竟在明朝生活了二十八年，对敌国自有难以割舍的眷恋之情。因此他不得不退处田园，正是“关塞鼓鼙家已废，乾坤榛莽砚难耕”（《答爰琴》）。从鼎革之时至康熙十七年（1678年）的三十五年间，邓汉仪基本上过着一种平静、淡泊的“出世”生活，超然于纷争的尘俗之外，正如他诗中所写的：“十年亲酌曹溪水，我亦江湖破衲僧”（《厉烈士招游天宁寺塔有感》）。
康熙十七年清廷的征辟一举打破了他的生活的平静。这一年他已六十二岁，但必须再一次在进退之间作出选择。康熙为了网罗名士，显示对人才的渴慕和恩宠，下诏特开博学鸿词科。这次征辟在当时掀起了轩然大波，汉族文人又一次面临进退抉择。与易代之初不同的是，此时人们基本习惯了变服剃发后的生活，反清情绪也没有先前那么强烈，文人的用世之心也渐渐死灰复燃，所以一时名士巨公竟有弹冠之意。也有一些明代遗民保持操守，拒不赴试，如李颙、顾炎武辈。邓汉仪诗名远播，自然在被荐举之列，荐举人为刑部郎中谭弘宪，品目云：“夙娴诗赋，蕴藉宏深。”邓汉仪被荐举后以养亲固辞，府司、亲友劝行甚力，不得已偕孙枝蔚买舟北行。到北京后又多次借口告免，终未获准。康熙十八年四月，考试在太和殿体仁阁进行，邓汉仪毕卷早出最早。当时规定赋必用四六句方为中式，而他故意不用，因此未被录取，这个结果也正是邓汉仪所希望的。但康熙为示恩庞，命部院会议择年老的才学名望者赐内阁中书舍人衔，虽为虚衔但亦极其荣耀。邓汉仪又在其列，同时加衔的还有傅山、杜越、孙枝蔚、王嗣槐等数人。其后吏部尚书、文华殿大学士冯溥欲奏留与修《明史》，邓汉仪固辞，曰：“我辈年高学浅，家有老亲，恨不旦夕驱车疾返，岂能喔咿嗫嚅于翰院诸公下乎？使我实有雄飞之志，久已闭门磨砻，当场逞雄角胜，一展平生长耳，何至日饮酒与诸故人游，以潦草应试耶？行矣南归，勿复以我为念。”返乡后蛰居田园，徜徉吟咏，续选《诗观》三集。王士禛极高其行，在《送邓孝威授正字归海陵再示豹人》诗里将邓汉仪、孙枝蔚比作秦汉之间的商山四皓，诗云：“当年绮里季，曾友夏黄公。共咏紫芝曲，俱栖岩穴中。鬓眉惊汉帝，羽翼缅高风。一出还归隐，白云商洛东。”
邓汉仪一生终于没有在政治上施展才华和抱负，作为生活在明、清两代夹缝中的汉族文人，所处的境地是十分尴尬的，在明不能，因为尚未取得功名；在清又不愿，总想保持一些距离，可谓进退两难。这对当时一批优秀文人来说是很悲哀的事。对于邓汉仪来说，更为悲哀的是苦守了大半辈子的民族操守，在晚年不幸蒙上了参试博鸿词和加授内阁中书舍人衔的污点，连做一个完全彻底的遗民也不可能，个中有多少不得已啊！
