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《德军总部：新秩序》的背景发生在架空的1946年至1960年。本作剧情延续上一代《德军总部：黑曜阴谋》，德国的科技已达到惊人的地步，盟军在西欧及北非战场上节节败退。为了扭转战局，以bj为首的特别作战小队搜集情报确定了德军高级武器研发组长死骷将军的地点并试图进行暗杀。
死骷工作区域的原址为古旧的城堡，高级科目研究小组成员占领后实施了现代化改造。

盟军特别作战小组突袭死骷工厂区的计划，隶属第109空降师

威尔汉姆将军（死骷）
很少有人得知他的真名，因为他的代号令人不寒而栗。在前作中担任德军超自然研究小组组长，在重返德军总部和09版德军总部均有登场。在前作中，他因黑太阳世界被bj破坏导致的飞艇坠机造成面部受伤毁容，因此面目狰狞。死骷的高级科目研究组以凶残为名，不会有一丝怜悯。

菲尔古斯
菲尔古斯出生贫寒的苏格兰高地，16岁开始在造船厂当工人，1930年代的大萧条使其不幸失业。二战爆发后在飞机制造厂通过技术进入空军服役，并成为一名优秀的飞行员。

包布斯特·怀亚特三世
怀亚特在战争爆发前曾被家人督促在哈佛大学取得一个学位，但他17岁时却叛逆地参了军，父亲因此对其十分失望。不过他一直坚信正义能够战胜扭曲的世界。

安雅·奥利瓦
出生于波兰医生家庭，在高等医学院就读的安雅原本希望能在医学方面有所作为，但由于战争不得不放弃随父母在疗养院工作，她主要从事检查患者头部和身体的弹片清除工作。在战后，他们以人性化对待这里的伤员和病人，但也只能面对纳粹随时将这里的病人带走做实验，直到1960年被下令关闭疗养院。

科勒
为死骷将军工作的军官

福莱·恩格尔将军
参与德国女权运动崛起的成员，据说有六个孩子。本人致力于全身心为帝国服务，因此晋升非常迅速，现任贝利卡集中营的管理者，对待犯人非常残暴。在集中营暴动时受重伤，面部毁容严重，只能通过手术进行修面恢复。

鲍比
恩格尔将军手下的得力干将，服从于她。并且传闻关系不一般。

卡洛琳·贝克
光环抵抗组织首脑，早在二战时期就秘密在德国成立反抗纳粹暴政，曾在前作2009德军总部中有登场，在任务期间遭到前作boss汉斯的枪击，不过侥幸未死，因而双腿瘫痪。战后不得不靠轮椅行动。

J
出生于华盛顿，其父亲在美国陆军服役，五个儿子当中最小的一个。在音乐方面有天赋，喜欢弹吉他。纳粹向美国投放原子弹时受到辐射波及，但很幸运地活了下来，面部因此被毁容。后参加光环抵抗组织。此角色只在怀亚特线出现。

塔克拉
一个疯狂痴迷于数学的抵抗组织成员，连枪都不会用，但在组织中负责破译和加密情报。此角色只在菲尔古斯线出现。