第一章（段）的主旨是道，天之道即自然之道。在内容上主要是讲天与人关系，人是自然的产物，就要认识自然，学习自然，归纳自然之道，要用自然之道制约人的行为，人要遵从自然之道去作为。天人合一本为自然状态，人与宇宙具有全息的关系。要用自然之道来制定社会之道，来规范人类社会，不能让人类毫无制约地发展。这是上古之人总结出的大道。

第二章（段）“天发杀机”与“天生天杀”是相互呼应的，从而构成完整的一章（段）。在内容上讲的是“理”，“天理”、“人理”、“道理”，“生杀”、“变化“、“动静”、“修炼”之中都含有“理”。三章划分法的第一章是从“谓之圣人”截止，侧重点在“圣人”，没有遵从文法逻辑，是无章法可言的。

第三章（段）的主旨为“德（得）”，“盗”具有潜移默化之“德（得）”。按《韩非子•解老》“德者，内也；得者，外也”，所以要内外兼修。因为天性与修行的不同，人具有了“君子”与“小人”的划分。

第四章（段）的主旨是“用”，用功、应用、运用，侧重于人的主观能动性，也说明了人由生入死的过程。主观能动性能使人发挥出自身在自然界中的作用，这蕴含于修行的过程之中。

第五章（段）的主旨是“术”，“阴阳相胜之术”，含有阴阳、八卦、甲子、象学。

经文短小精悍，结构紧凑，具有总—分—总的整体结构，还有纵线连贯，构思是非常巧妙的。经文内容是以天、人为主体的，而其中蕴含的思想则要看研究者的领悟，易、老、法、兵等诸家思想都在里面，宇宙学、人体科学、社会科学都在其中。

阴符经中的概念有：天、天之道、五贼（五德）、宇宙、性、心、机、生杀、三要、动静、功、圣人、理、三盗（三才，包括天地、万物、人）、用、师、公私、恩害、愚圣、阴阳、鬼神、象等。这些概念为《德道经》所要沿用，成为了道家的基本术语。

阴符经整体结构中的纵线主要有三条。一条是“天之道”，由“观天之道”、“立天之道”至“天生天杀，道之理也”，再至“天地，万物之盗也”、“日月有数”、“天之无恩而大恩生”、“天之至私，用之至公”，到达“自然之道静”、“天地之道浸”、“自然之道不可违”。

一条纵线是“人”。由“天性，人也”下延，“人发杀机”、“性有巧拙”、“知之修炼，谓之圣人”，再至“君子得之固躬，小人得之轻命”，再延伸到“瞽者善听、聋者善视”、“愚人以天地文理圣，我以时物文理哲”，结束于“圣人知自然之道不可违，因而制之”。

一条纵线是“动静变化”。始于“宇宙在乎手，万化生乎身”，延展至“天人合发，万化定基”、“九窍之邪，在乎三要，可以动静”，再至“食其时，百骸理；动其机，万化安”，到“迅雷烈风，莫不蠢然”、“至乐”、“至静”，最后是“阴阳相推，而变化顺矣”。

小的纵线有两条。一条是“人心”，由“人心，机也”到“人发杀机”，至“人知其神而神”，再至“心生于物，死于物，机在目”。

另一条小纵线是“定（或静）”。由“立天之道，以定人也”下延至“天生天杀”、“大小有定”，到“至静性廉”、“沉水入火，自取灭亡”，最后是“至静之道”。

阴符经的整体结构可谓是采用了“经纬各五”的“编织”形式，起主导作用的是“经线”，即“道理得用术”。古人的这种写作构思不得不让人叹为观止！

阴符经展现了古人“天人合一”的思想理念。

上古时期的“天”是大自然，是自然状态，是客观的存在，是不带有主观色彩的。在古人的思想观念中，“天”最大，包容一切。