明朝灭亡后，南明朝廷鉴于特殊局势，遍置军镇，其中最为著名者为江北四镇。而其他地区所建或欲建之军镇，则又甚多。
孙可望再遣使乞封秦王，安之持不予。其后桂林破，王奔南宁。大兵日迫，云南又为可望据，不可往。安之念川中诸镇兵尚强，欲结之，共奖王室，乃自请督师，加诸镇封爵。王从之，加安之太子太保兼吏、兵二部尚书，总督川湖诸处军务，赐剑，便宜从事。进诸将王光兴，郝永忠、刘体仁、袁宗第、李来亨、王友进、塔天宝、马云翔、郝珍、李复荣、谭弘、谭诣、谭文、党守素等公侯爵，即令安之敕印行。可望闻而恶之，又素衔前阻封议，遣兵伺于都匀，邀止安之，追夺光兴等敕印。
当是时（顺治二年），降卒既众，（何）腾蛟欲以旧军参之，乃题授朝宣、先璧为总兵官，与承胤、赤心、郝永忠、宗第、进才及董英、马进忠、马士秀、曹志建、王允成、卢鼎并开镇湖南、北，时所谓十三镇者也。
弘光朝廷图谋恢复之计时，曾有设立藩镇、以资进攻之策。御史陈潜夫奏称：“中兴在进取，王业不偏安。山东、河南地，尺寸不可弃。豪杰结寨自固者，引领待官军。诚分命藩镇，以一军出颍、寿，一军出淮、徐，则众心竞奋，争为我用。”虽然并未实行，但南明军镇实已皆为藩镇。如孙可望。“有李如月者，东莞人，官御史。王驻安龙时，孙可望获叛将陈邦传父子，去其皮，传尸至安龙。如月劾可望不请旨，擅杀勋镇，罪同莽、操，而请加邦传恶谥，以惩不忠。”时人也有将边境之地完全纳入军事体制之建议。
吴监军司李晋阳语（何）腾蛟，以为“（左）良玉在时，抚军有权，不得自由。今既弃省去，湖南北兵饷既在掌握，应破尽从前局面，大为整顿，总计饷数，配合兵数，以各府之饷练各府之兵，督抚任大帅，司道任副将，府州县任参游，以文臣理武事，则令出惟行，生杀予夺，抚军以一人操之……”
而藩镇亦皆参与国事。虽然文官系统对这一行为加以反对。“一日，泽清疏至，为故相周延儒减赃也。（姜）曰广曰：‘将官何乃与朝政！’”但由于南明军权握于军镇之手，因此军镇干政遂成常态。“始朝廷许诸镇与闻国是，故（高）杰屡条奏救降贼者，及请释武愫于狱，不允。复疏荐吴甡、郑三俊、金光辰、姜埰、熊开元、金声、沈正宗等。大抵其时武臣风尚多类此。”

京师陷，泽清走南都，福王以为诸镇之一，封东平伯，驻庐州。时武臣各占分地，赋入不以上供，恣其所用，置封疆兵事一切不问。与廷臣互分党援，干预朝政，排挤异已，奏牍纷如，纪纲尽裂，而泽清所言尤狂悖。王初立，即援靖康故事，请以今岁五月改元，又请宥故辅周延儒助饷脏银。都御史刘宗周劾诸将跋扈状，泽清遂两疏劾宗周，且曰：“上若诛宗周，臣即卸职。”朝廷不得已，温诏解之。又请禁巡按不得拏访追脏，请法司严缉故总督侯恂及其子方域，朝廷皆曲意从之。
如何在地方军队效率与稳定之间寻找合适的折中点，一直是中国古代政治的核心课题之一，由此带来的结果也与中国古代王朝更迭、文明兴衰密切相关。明朝在边疆尤其九边长城军镇驻扎大量军队，赋予总兵较大军权同时，势必采取一定措施，防止其尾大不掉、据地作乱。为此，明朝采取的措施主要有五种。第一，明朝严格切断地方军队与中央军队之关系。虽然地方总兵与中央京营，皆隶属五军都督府，但在明朝刻意分离意图之下，二者却并不存在直接联系。作为例外个案，正德、嘉靖时期曾有边帅临时掌握京营之事。正德时期，武宗亲至宣府作战，从而信任宣府总兵江彬诸人，实行京营、边兵互调制度，遭到了文官系统的猛烈抨击。武宗死后，这一形式随之作罢。庚戌之变后，仇鸾以勤王之功，以边帅入主京营，从而暂时连接了京营与边镇。
国朝之制，总禁兵者，不得预外兵。惟嘉靖中虏入寇，都御史杨恪愍公守谦自保定，咸宁侯仇鸾自大同，各入援，诏守谦提督中外诸军，已鸾至，拜总督亦如之。又命文职三品、武职都督已下，悉听军法从事。
会鸾奏革蓟州总兵官李凤鸣、大同总兵官徐珏任，而荐京营副将成勋代凤鸣，密云副将徐仁代珏。旨从中下。（王）邦瑞言：“朝廷易置将帅，必采之公卿，断自宸衷，所以慎防杜渐，示臣下不敢专也。且京营大将与列镇将不相统摄，何缘京营，乃黜陟各镇。今曲徇鸾请，臣恐九边将帅悉奔走托附，非国之福也。”帝不悦，下旨谯让。
但仇鸾死后，世宗尽废其政。

第二，地方军队、总兵序列内部存在制约机制。为防止地方军队沦为私人势力，明朝不仅实行统兵、管军二元分立体制，都司卫所虽在镇守总兵设置之后，归其节制，地位日益降低，但毕竟仍是管军之主体单位。同样，即使在总兵序列内部，明朝亦仅赋予总兵节制，而非统属部将之权力。相对于统属关系，节制关系较为松散。比如直到隆庆年间，武将系统尚多有不屑总兵者。“降神枢营副将署都督佥事孙国臣为署都指挥佥事，充分守延绥东路右参将。时新定营，制改总督为总兵，诸将以其权轻，多不受约束者。国臣尤骄倨，初入营，直驰总兵中路，与抗礼。兵部请罪之，因请自今勋臣总兵接见副将，一如总督之仪，惟流官总兵西向答礼，稍加优厚，以示等威。诏可。”不仅如此，总兵虽与部将明显有地位高低之分，但并无权力截然高下之别。比如，副总兵虽处总兵之下，但镇守（后来改称协守）副总兵却并不受总兵节制，而是独立镇守地位较总兵驻地稍逊之地区。不仅如此，即使受到总兵节制之分守副总兵以下武将，亦在军事决策上，具有与总兵共同谋议之权。弘治七年（1454），
甲午，协守辽东广宁中路右参将都指挥佥事刘祥奏：“臣与镇守辽东总兵官李杲同守一城，事体不异，而杲遇事不许臣连佥，已尝疏奏，兵部题准，凡军门事务，皆令会议连佥。但故事所有者一皆如旧，无者不得纷更。今杲仍执迷不许。考之天顺至今，主参无不连佥会议，乞令杲如例遵行，或调臣别镇分守为宜。”兵部覆奏：“边将协和则军令一，而地方以宁。今杲与祥相争如此，俱须逮治。但非两词不可尽信，宜但行杲，凡军门事与中路相干者，务与协守、参将连佥，其各路者不得预。仍调祥于宣府或独石马营，以绝忿争。”上命：“祥所奏仍下巡按监察御史体勘以闻。”

第三，总兵序列武将来源逐渐呈现规格下降之势。正如上文所述，明代总兵来源呈现由勋贵至五军都督府变化之势，这一方面源于明代勋贵武将能力的下降；另一方面，在文官系统、内官系统势力扩张之际，总兵序列较低之军阶，无疑更为便于控制。嘉靖年间，刑科给事中管律讨论京营时称：“且都督流官，无所怙恃，心常小而畏常深，恩之易感，威之易行，公、侯、伯世爵难禠，有犯不能尽其法，有求必欲尽其恩，此祖宗于兵政所以重任都督，而不轻授侯、伯也。”揆之总兵序列，亦是如此。甚至多有都司武将充任总兵序列甚至总兵官者。万历时期沈德符称：“武臣以总兵官为极重。先朝公侯伯专征者，皆列尚书之上。自总督建后，总兵禀奉约束，即世爵俱不免庭趋。其后渐以流官充总镇，秩位益卑。”“武臣自总戎而下，即为副将及参将，体貌素崇，与司道同列，近来多黠卒及游棍滥居之。”顾炎武亦称：“乃往往以积劳推荐指挥，假以署都督佥事之号，而充总兵。故人微位重，鲜胜任者。而缙绅视之益轻矣。”甚至州县系统也已开始轻视总兵。万历年间，
先是，隆庆五年，因四川判蛮猖獗，议设总兵，贼平之日另议裁革。至是，总兵刘显剿平九丝，引疾求去，且言本镇新设，事无成规，州县动经阻挠，缓急恐有误事。部覆：该省镇臣定为额设，有司阻挠致误者，会同巡抚指名参究。得旨：刘显照旧供职，祖宗朝委任总兵官，体统原重，近来有司往往不服节制，非礼抗违，殊非政体，有仍前违玩者，许令径自参奏处治。
第四，总兵虽在军镇之内节制军队、专制一方，但活动地域却被严格限制于本镇境内。这便使其势力受到很大限制。“其在诸镇，各练以为本方之用，非奉敕不得宣调，此其势执于朝廷，实无强干弱枝之弊。”

第五，明朝控制镇守总兵与武将系统最为重要的手段，是利用其他势力系统，在军镇内部对总兵官权力进行制约与分割。具体而言便是巡抚、巡按与镇守太监，以及最后设置的总督、经略等官。“正德以来，军职冒滥，为世所轻。内之部科，外之监军、督抚，叠相弹压，五军府如赘疣，弁帅如走卒。”副总兵以下武将系统甚至由巡抚考核。“在外都司卫所官，由抚、按造册缴部。副参以下，千户以上，由都、布、按三司察注送抚，咨部考举题奏。”按察司与分巡道作为监察官员，亦可监督总兵。宣德七年（1432），朝廷命令“缘边军士职专备御，近年多有投托总兵、镇守等官作家人及被役使种田生理等项，有一员占用数百人者，兵部出榜禁约，巡按御史、按察司官时常巡察，违者具实奏闻”。甚至府治佐贰亦有监督之责。“今一总兵而不与之赏罚之权，监之以巡抚、巡按、守巡、郎中，一有胜负，则府通判、经历皆得监制之。唐朝以一监军而军功不成，况监军数辈者乎！”
明朝从而在赋予军镇较大权力的同时，通过内部制约方式，使不同势力系统皆呈现权力分散态势，从而在保证一定军事效率的同时，促使权柄最终操纵于朝廷。