近年来，计算机辅助药物设计已经取得一定成就，特别是在新冠肺炎爆发后，很多研究机构和企业采用计算机辅助药物设计方法辅助进行了很多研究工作。在新型冠状病毒的治疗方案中，通过同源建模方法发布了新冠病毒的三维结构，通过药物靶标预测、筛选出针对新型冠状病毒的药物，通过一系列计算机辅助药物生物计算的方法发现一大类药物分子可以有效阻止新冠病毒的侵染，为治疗新冠提供了新机理和新思路。
计算机辅助药物设计是通过计算机模拟、计算和预算药物与受体生物大分子之间的关系，设计和优化先导化合物的方法。掌握和运用计算机辅助药物设计专业软件工具应用于先导化合物发现和优化的药物分子设计过程，提高药物设计水平、速度和成功率，使药物设计从基于偶然性趋向于定向化和合理化。
那么你对于“新药先导化合物的虚拟筛选技术”了解掌握多少呢？下面是总结的一些重要知识点，你可以参考大纲检验一下自己，看看理论技术与上机实践是否都过关呢？
一、全新先导化合物的筛选策略 1. 运用全新筛选策略快速发现新药先导化合物 1.1全新筛选策略的基本原理 1.1.1 基于药效团模型的虚拟筛选方法 1.1.2 基于分子对接的虚拟筛选方法1.1.3 全新先导化合物的筛选方法 1.2 全新筛选策略全新方法-用于先导化合物的快速发现
二、小分子数据库的构建 2. 小分子数据库的构建及类药性筛选 2.1 三维数据库的构建 2.1.1 二维数据库的构建和转换2.1.2 三维数据库的生成2.1.3 三维数据库的加氢加电荷和能量优化 2.1.4 三维数据库的多构象生成 2.1.5 三维数据库的描述符计算 2.1.6 三维数据库的类药性筛选 实例讲解与练习： (1) 小分子三维数据库的构建(2) 数据库的类药性筛选
三、蛋白质结构数据库（PDB） 3. 蛋白质结构数据库（PDB）的使用方法3.1 靶点晶体结构的数据库检索和选取 3.2 靶点蛋白的结构类型和序列分析 3.3 靶点蛋白的下载和预处理 3.4 靶点蛋白的三维结构分析 3.5 靶点蛋白的活性位点表征实例讲解与练习： (1) 基于 PLK1为靶点的蛋白结构获取和活性位点表征 (2) 基于 DPP4为靶点的蛋白结构获取和活性位点表征
四、分子对接 4. 分子对接过程及结果分析 4.1 分子对接原理 4.2 分子对接方法 4.2.1 靶点蛋白晶体结构的选取 4.2.2 靶点蛋白前期优化准备 4.2.3 靶点蛋白活性位点表征 4.2.4 三维数据库的预处理 4.2.5 对接算法的选择和对接评分 4.2.6 结合自由能计算 4.2.7 三维相互作用图生成 4.3 对接结果分析 实例讲解与练习： (1)基于分子对接技术筛选磷酸二酯酶-4小分子抑制剂 (2)基于分子对接技术筛选PLK1小分子抑制剂
五、同源建模 5. 同源建模方法及模型优化 5.1 同源建模介绍 5.2 同源建模的方法 5.2.1靶点蛋白的序列选取 5.2.2 蛋白序列的相似性搜索和比对 5.2.3 蛋白模板的选择 5.2.4 蛋白模型三维结构构建 5.2.5 蛋白模型的验证 5.2.6 蛋白模型的优化 5.2.7 蛋白模型活性位点的表征实例讲解与练习： (1) 以新冠病毒3CL水解酶为靶点的同源建模
六、基于受体的药效团建模实践 6. 基于受体的药效团模型的虚拟筛选6.1 构建基于受体-配体复合物的药效团模型6.1.1 选取靶点蛋白-配体晶体结构6.1.2 靶点晶体结构的预处理 6.1.3 靶点蛋白与配体的相互作用分析6.1.4 药效团模型的构建6.1.5 测试集的构建方法6.1.6 药效团模型的评价方法6.2 虚拟筛选6.3 结果分析实例讲解与练习：(1) 基于受体药效团模型发现新型的免疫检查点PD-L1抑制剂(2) 基于PARP-1活性位点构建三维药效团模型及先导化合物筛选
七、基于配体的药效团建模实践 7. 基于配体的药效团模型的虚拟筛选7.1 构建基于配体的药效团模型7.1.1 选取配体分子的方法7.1.2 配体分子数据库的构建 7.1.3 配体分子数据库的预处理7.1.3 配体分子数据库的多构象生成7.1.4 药效团模型的构建7.1.5 测试集的构建方法7.1.6 药效团模型的评价方法7.2 虚拟筛选7.3 结果分析实例讲解与练习：基于配体药效团模型发现全新的磷脂酰肌醇-3-激酶(PI3K)抑制剂
八、多肽药物的虚拟筛选 8. 多肽药物的虚拟筛选流程和结果分析8.1 构建基于受体-配体复合物的药效团模型8.1.1 选取靶点蛋白-配体晶体结构8.1.2 靶点晶体结构的预处理 8.1.3 靶点蛋白与配体的相互作用分析8.1.4 药效团模型的构建8.1.5 测试集的构建方法8.1.6 药效团模型的评价方法8.2 多肽药物精准分子对接方法8.3 结果分析实例讲解与练习： (1) 基于NRP-1受体药效团模型发现新型的活性多肽分子
九、抗肿瘤药物先导化合物的发现 9. 运用药效团和分子对接发现全新的基质金属蛋白酶9(MMP-9)抑制剂9.1 MMP-9药效团模型的构建 9.1.1 MMP-9靶点晶体结构的选取及预处理 9.1.3 MMP-9靶点活性位点与配体的构效关系分析 9.1.4药效团模型构建9.2MMP-9药效团模型的优化及评价 9.2.1测试集的构建9.2.2药效团模型的验证9.3 基于MMP-9药效团模型的虚拟筛选9.4 基于MMP-9活性位点的分子对接9.4.1 候选化合物与活性位点氨基酸的二维和三维相互作用分析9.4.2 候选化合物与活性位点氨基酸的结合自由能计算 9.5 结果分析
十、抗病毒药物先导化合物的发现 10. 运用药效团和分子对接发现全新的新冠病毒3CL水解酶抑制剂10.1 3CL水解酶药效团模型的构建10.1.13CL水解酶靶点晶体结构的选取10.1.2 3CL水解酶靶点晶体结构的预处理 10.1.3 3CL水解酶靶点活性位点与配体的构效关系分析 10.1.4药效团模型构建 10.2 3CL水解酶药效团模型的优化及评价 10.2.1测试集的构建10.2.2药效团模型的验证10.3 基于3CL水解酶药效团模型的虚拟筛选10.4基于3CL水解酶活性位点的分子对接 10.4.1 候选化合物与活性位点氨基酸的二维和三维相互作用分析10.4.2 候选化合物与活性位点氨基酸的结合自由能计算 10.5 结果分析
看了大纲以后，感觉怎么样？发现自己掌握的知识只是皮毛，还是对某些知识点很感兴趣呢？那么我们欢迎你的私信与询问呦！ https://mp.weixin.qq.com/s/f1vXNKTZfpSqxGAODOvDAg
计算机辅助药物设计是通过计算机模拟、计算和预算药物与受体生物大分子之间的关系，设计和优化先导化合物的方法。掌握和运用计算机辅助药物设计专业软件工具应用于先导化合物发现和优化的药物分子设计过程，提高药物设计水平、速度和成功率，使药物设计从基于偶然性趋向于定向化和合理化。
那么你对于“新药先导化合物的虚拟筛选技术”了解掌握多少呢？下面是总结的一些重要知识点，你可以参考大纲检验一下自己，看看理论技术与上机实践是否都过关呢？
一、全新先导化合物的筛选策略 1. 运用全新筛选策略快速发现新药先导化合物 1.1全新筛选策略的基本原理 1.1.1 基于药效团模型的虚拟筛选方法 1.1.2 基于分子对接的虚拟筛选方法1.1.3 全新先导化合物的筛选方法 1.2 全新筛选策略全新方法-用于先导化合物的快速发现
二、小分子数据库的构建 2. 小分子数据库的构建及类药性筛选 2.1 三维数据库的构建 2.1.1 二维数据库的构建和转换2.1.2 三维数据库的生成2.1.3 三维数据库的加氢加电荷和能量优化 2.1.4 三维数据库的多构象生成 2.1.5 三维数据库的描述符计算 2.1.6 三维数据库的类药性筛选 实例讲解与练习： (1) 小分子三维数据库的构建(2) 数据库的类药性筛选
三、蛋白质结构数据库（PDB） 3. 蛋白质结构数据库（PDB）的使用方法3.1 靶点晶体结构的数据库检索和选取 3.2 靶点蛋白的结构类型和序列分析 3.3 靶点蛋白的下载和预处理 3.4 靶点蛋白的三维结构分析 3.5 靶点蛋白的活性位点表征实例讲解与练习： (1) 基于 PLK1为靶点的蛋白结构获取和活性位点表征 (2) 基于 DPP4为靶点的蛋白结构获取和活性位点表征
四、分子对接 4. 分子对接过程及结果分析 4.1 分子对接原理 4.2 分子对接方法 4.2.1 靶点蛋白晶体结构的选取 4.2.2 靶点蛋白前期优化准备 4.2.3 靶点蛋白活性位点表征 4.2.4 三维数据库的预处理 4.2.5 对接算法的选择和对接评分 4.2.6 结合自由能计算 4.2.7 三维相互作用图生成 4.3 对接结果分析 实例讲解与练习： (1)基于分子对接技术筛选磷酸二酯酶-4小分子抑制剂 (2)基于分子对接技术筛选PLK1小分子抑制剂
五、同源建模 5. 同源建模方法及模型优化 5.1 同源建模介绍 5.2 同源建模的方法 5.2.1靶点蛋白的序列选取 5.2.2 蛋白序列的相似性搜索和比对 5.2.3 蛋白模板的选择 5.2.4 蛋白模型三维结构构建 5.2.5 蛋白模型的验证 5.2.6 蛋白模型的优化 5.2.7 蛋白模型活性位点的表征实例讲解与练习： (1) 以新冠病毒3CL水解酶为靶点的同源建模
六、基于受体的药效团建模实践 6. 基于受体的药效团模型的虚拟筛选6.1 构建基于受体-配体复合物的药效团模型6.1.1 选取靶点蛋白-配体晶体结构6.1.2 靶点晶体结构的预处理 6.1.3 靶点蛋白与配体的相互作用分析6.1.4 药效团模型的构建6.1.5 测试集的构建方法6.1.6 药效团模型的评价方法6.2 虚拟筛选6.3 结果分析实例讲解与练习：(1) 基于受体药效团模型发现新型的免疫检查点PD-L1抑制剂(2) 基于PARP-1活性位点构建三维药效团模型及先导化合物筛选
七、基于配体的药效团建模实践 7. 基于配体的药效团模型的虚拟筛选7.1 构建基于配体的药效团模型7.1.1 选取配体分子的方法7.1.2 配体分子数据库的构建 7.1.3 配体分子数据库的预处理7.1.3 配体分子数据库的多构象生成7.1.4 药效团模型的构建7.1.5 测试集的构建方法7.1.6 药效团模型的评价方法7.2 虚拟筛选7.3 结果分析实例讲解与练习：基于配体药效团模型发现全新的磷脂酰肌醇-3-激酶(PI3K)抑制剂
八、多肽药物的虚拟筛选 8. 多肽药物的虚拟筛选流程和结果分析8.1 构建基于受体-配体复合物的药效团模型8.1.1 选取靶点蛋白-配体晶体结构8.1.2 靶点晶体结构的预处理 8.1.3 靶点蛋白与配体的相互作用分析8.1.4 药效团模型的构建8.1.5 测试集的构建方法8.1.6 药效团模型的评价方法8.2 多肽药物精准分子对接方法8.3 结果分析实例讲解与练习： (1) 基于NRP-1受体药效团模型发现新型的活性多肽分子
九、抗肿瘤药物先导化合物的发现 9. 运用药效团和分子对接发现全新的基质金属蛋白酶9(MMP-9)抑制剂9.1 MMP-9药效团模型的构建 9.1.1 MMP-9靶点晶体结构的选取及预处理 9.1.3 MMP-9靶点活性位点与配体的构效关系分析 9.1.4药效团模型构建9.2MMP-9药效团模型的优化及评价 9.2.1测试集的构建9.2.2药效团模型的验证9.3 基于MMP-9药效团模型的虚拟筛选9.4 基于MMP-9活性位点的分子对接9.4.1 候选化合物与活性位点氨基酸的二维和三维相互作用分析9.4.2 候选化合物与活性位点氨基酸的结合自由能计算 9.5 结果分析
十、抗病毒药物先导化合物的发现 10. 运用药效团和分子对接发现全新的新冠病毒3CL水解酶抑制剂10.1 3CL水解酶药效团模型的构建10.1.13CL水解酶靶点晶体结构的选取10.1.2 3CL水解酶靶点晶体结构的预处理 10.1.3 3CL水解酶靶点活性位点与配体的构效关系分析 10.1.4药效团模型构建 10.2 3CL水解酶药效团模型的优化及评价 10.2.1测试集的构建10.2.2药效团模型的验证10.3 基于3CL水解酶药效团模型的虚拟筛选10.4基于3CL水解酶活性位点的分子对接 10.4.1 候选化合物与活性位点氨基酸的二维和三维相互作用分析10.4.2 候选化合物与活性位点氨基酸的结合自由能计算 10.5 结果分析
看了大纲以后，感觉怎么样？发现自己掌握的知识只是皮毛，还是对某些知识点很感兴趣呢？那么我们欢迎你的私信与询问呦！ https://mp.weixin.qq.com/s/f1vXNKTZfpSqxGAODOvDAg
