第一步，预测分析ENO1和PD-L1之间的互作 基于AlphaFold2预测分析发现位于与PD-L1相互作用界面的ENO1的四个关键残基（N52、K54、K197和E250）（图2a-b）。 第二步，ENO1的E250介导与PD-L1相互作用 对每个残基构建N52A、K54A、K197A和E250A突变体，Co-IP分析发现E250突变为丙氨酸（E250A）显著降低了ENO1与PD-L1之间的相互作用（图2c）。另外，分析还发现ENO1的E250能够与PD-L1上的R125形成临界盐桥，从而增强相互作用的稳定性（图2a）。表明ENO1的E250在介导PD-L1相互作用中的重要

结直肠癌（CRC）的发病机制是多方面的，涉及控制肠上皮细胞增殖、凋亡和存活的多种细胞信号通路的失调。Notch1在癌症发展中发挥多种作用，目前尚不清楚是否存在能够使裂解的Notch1跨膜/细胞内区（NTM）去磷酸化以调节其功能的磷酸酶。双特异性蛋白磷酸酶（DUSPs，也称为MAPK磷酸酶）DUSP6是否参与和调节功能尚不清楚。 2024年11月，新加坡国立大学团队在Nat Commun.（IF=14.7）上发表了题为“DUSP6 regulates Notch1 signalling in colorectal cancer”的研究成果。发现DU

第一步，筛选c-FLIP泛素化相关的酶-USP7 TRIP13如何介导c-FLIP的泛素化呢？采用生物信息学方法筛选GO和KEGG数据库中与泛素化相关的条目。利用STRING数据库构建蛋白-蛋白相互作用网络后，分析发现10个核心靶点，包括USP7、USP13、USP14等（图1a）。USP7是一种表征良好的去泛素酶，研究证实，TRIP13可直接与USP7结合，促进其去泛素酶活性。推测TRIP13可能通过USP7调节c-FLIP的水平。此外，分析显示TRIP13、USP7和c-FLIP在TNBC中表达较高，且TRIP13、USP7和c-FLIP呈正相关（图1b

第一步，筛选CARM1的互作蛋白 通过anti-Flag-CARM1 IP-MS鉴定与CARM1相互作用的蛋白，分析显示CARM1与HIF1A存在关联（图1a）。 第二步，验证CARM1与HIF1A相互作用 在常氧和缺氧条件下，进行Co-IP分析，CARM1和HIF1A相互作用（图1b-e）。此外，GST pulldown实验也证实CARM1与HIF1A互作（图1f-g）。 第三步，确定CARM1与HIF1A互作具体位置 构建截短载体GST-CARM1-EVH1结构域（1-140 aa）、GST-CARM1-cat（141-480 aa）和GST-CARM1-c（481-608 aa），进行GST pulldown实验，表明CARM1的EVH1结构域负责与HIF1

迄今，临床上仍有大量疾病缺乏安全有效的治疗药物。因此，药物创新研究的重要性日益凸显。中药虽然在临床预防治疗复杂疾病方面具有其特色和优势，但是中药有效成分及其作用靶点、机制不明确等问题仍然是中药现代化的阻碍因素，也是中药发展和走向世界的主要瓶颈之一。 2022年8月，北京大学药学院屠鹏飞/曾克武团队在Science Advances（IF=11.7）上发表题为“Neuroinflammation inhibition by small-molecule targeting USP7 noncatalytic domain for neurodegenerative disease thera

通过anti-CARM1 ChIP-seq实验，共鉴定出17,749个carm1特异性结合峰和4,866个独特的启动子基因（图1a）。KEGG分析发现，这些基因参与HIF-1、Wnt、VEGF等信号通路（图1b）。ChIP-qpcr检测显示，CARM1在CARM1、CDK4、Cyclin D1、β-Catenin、HIF1A、MALAT1, MAT2A、VEGFA和Vimentin等启动子上强富集，验证了ChIP-seq结果（图1c）。对所选基因进行anti-H3R17me2a和anti-H3R26me2a ChIP-qpcr分析，显示H3R17me2a和H3R26me2a占据了目标启动子（图1d）。进一步表明，这些启动子被CARM1占据。 敲减CARM1进行RNA-seq

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第一步，ENO1促进PD-L1与STUB1的结合 据报道，ENO1通过募集E3连接酶STUB1调节PD-L1的蛋白酶体降解。敲减STUB1，PD-L1表达增加（图1a）。IP-WB实验发现PD-L1泛素化降低，证实STUB1是CRC细胞中PD-L1的E3连接酶（图1a）。此外，ENO1的缺失增加了PD-L1水平，IP-WB显示PD-L1泛素化降低，重新表达WT ENO1逆转了这种效应（图1b-c）。相反，过表达ENO1可抑制PD-L1的表达，敲减STUB1，则抑制作用被消除（图1d）。另外，内源性Co-IP实验发现ENO1的缺失抑制PD-L1与STUB1互作（图1e），而ENO1过

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第一步，ENO1存在O-糖基化修饰 越来越多的证据表明，O-糖基化会影响几种关键代谢酶的活性，从而调节细胞代谢。为了确定ENO1是否被O-糖基化修饰，化学酶标记实验发现OGA（O-连接的N-乙酰葡糖胺水解酶（O-GlcNAcase，OGA）是生物体内唯一水解蛋白质O-糖基修饰的糖苷酶。）抑制剂TMG或O-GlcNAc转移酶（OGT）过表达的情况下，O-糖基化信号显著升高（图1a）。随后用质量标记方法分析ENO1的O-糖基化水平，5kDa的PEG分子与叠氮标记的糖蛋白结合，导致WB信号的分子

偏好投资生物科技等热门行业。

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THC结合TRIP13抑制TRIP13/USP7/c-FLIP三元复合物相互作用介导c-FLIP泛素化 研究THC处理后TRIP13、c-FLIP和USP7之间的相互作用。Co-IP实验显示c-FLIP、TRIP13和USP7直接结合在一起，THC抑制了它们在TNBC细胞中的结合能力（图3f）。此外，分子对接和分子动力学分析表明，USP7、TRIP13和c-FLIP形成三元配合物，其中TRIP13是连接c-FLIP和USP7的桥梁；THC通过与ASP89和ASP84的氢键与TRIP13相互作用（图1g）。另外，THC的加入削弱了USP7、TRIP13和c-FLIP之间的总结合能和氢键相互作用（图1h-i）

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罗丹明123是常用的线粒体染色剂，可以用于染色各种细胞，包括植物细胞和细菌；据数据分析，罗丹明123也可能是MRP1的底物。比MDR的功能检测预后指标更好。 图1.罗丹明123 CAS62669-70-9化学结构 罗丹明123 CAS62669-70-9参数 Ex(nm) 508 Em(nm) 528 分子量 380.82 溶剂 DMSO 存储条件 在-15℃以下保存，避光防潮 罗丹明123 CAS62669-70-9适用范围 1.用于标记活细胞的线粒体，还用于测量线粒体膜电位 2.选择性地定位于癌细胞，检测癌细胞 3.用于流式细胞术中作为P-糖蛋白报告

c-FLIP作为细胞凋亡过程中的关键负调控因子，在细胞凋亡通路中起着至关重要的作用。 第一步，THC抑制下游分子c-FLIP的蛋白水平 WB检测显示，THC显著降低TNBC肿瘤组织和细胞中c-FLIP蛋白水平（图1a-b）。功能实验表明，沉默c-FLIP增强了THC在TNBC细胞中的生长抑制作用和凋亡（图1c-e）；而过表达c-FLIP则减弱了这些作用（图1f-h）。表明THC通过抑制TNBC中c-FLIP来诱导细胞凋亡的外源性途径。 第二步，THC主要通过泛素-蛋白酶体途径促进TNBC中c-FLIP的降解 根据RT-qPCR

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过JOSD2的互作组和转录组检测分析，只有AMPK通路在Top通路中被富集（图1a-c）。WB验证显示，JOSD2敲低后LKB1的Ser428位点磷酸化和AMPKα的Thr172位点磷酸化上调（图1d）。表明JOSD2在LKB1/AMPK信号转导抑癌功能中起关键作用。 再次，探究互作机制。作者通过IP-WB检测发现，JOSD2只与LKB1互作，而与AMPK没有互作（图1e），表明JOSD2通过与LKB1相互作用调节LKB1/AMPK信号通路。体外激酶实验显示，JOSD2敲减能显著增强LKB1磷酸化AMPKα的水平（图1f），证实JOSD2通过与LKB1的相互

维生素三母液量大红色

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第一步，确定调节YBX1表达的潜在机制---泛素-蛋白酶体降解途径 为了进一步确定调节YBX1表达的潜在机制，泛素-蛋白酶体降解途径和自噬-溶酶体途径是细胞内蛋白质降解的两种重要途径。用MG132、3MA和CQ处理原代神经元（3MA是一种广泛使用的抑制细胞自噬的抑制剂，可抑制III类PI3K；CQ通过增加酸性内体/溶酶体的pH值来破坏溶酶体功能；MG132是一种广泛使用的泛素-蛋白酶体降解途径抑制剂。），发现MG132处理后，YBX1的表达水平升高（图2a）。表明泛素-蛋

第一步，确定调节YBX1表达的潜在机制---泛素-蛋白酶体降解途径 为了进一步确定调节YBX1表达的潜在机制，泛素-蛋白酶体降解途径和自噬-溶酶体途径是细胞内蛋白质降解的两种重要途径。用MG132、3MA和CQ处理原代神经元（3MA是一种广泛使用的抑制细胞自噬的抑制剂，可抑制III类PI3K；CQ通过增加酸性内体/溶酶体的pH值来破坏溶酶体功能；MG132是一种广泛使用的泛素-蛋白酶体降解途径抑制剂。），发现MG132处理后，YBX1的表达水平升高（图2a）。表明泛素-蛋

YBX1通过调节Zbp1的稳定性来调节脊髓损伤后神经元的PANoptosis YBX1是一个重要的细胞内RBP，因此YBX1可能通过影响相关RNA影响脊髓损伤小鼠的预后。RIP-seq实验发现，YBX1-RIP组中Zbp1的富集程度高于IgG组（图1a）。RIP-PCR实验结果也支持这一结果（图1b）。而WB和qPCR实验表明，Zbp1mRNA的丰度和ZBP1的蛋白表达与YBX1表达的变化相关（图1c-e）。结果表明，YBX1通过增加Zbp1的稳定性来促进ZBP1的蛋白表达。 后续的功能研究结果显示，ZBP1敲除可有效抑制YBX1过表达引起的Cle-

（1）AARS1作为一种蛋白质乳酸转移酶，使用乳酸作为直接的乳酸供体 第一步，AARS1与乳酸存在结合 分子对接预测乳酸可以很容易地结合到AARS1的催化口袋上（图1a）。等温滴定量热法验证了该结果（图1b）。 第二步，确定AARS1是一种乳酸转移酶 体外乳酸化实验显示AARS1能够以依赖于乳酸和ATP的方式直接使组蛋白H3和H4乳酸化（图1c），随后的质谱分析也显示AARS1能直接在K18处乳酸化H3肽（图1d）。AARS1催化袋内氨基酸残基突变体（5M）消除了其乳酸转移酶活

鉴于circrna通常作为miRNA海绵发挥作用，研究了circNOLC1是否可以在CRC进展过程中与miRNA结合。Anti-AGO2 IP分析发现circNOLC1显著富集（图1a）。通过生物信息学分析，发现有7个潜在的miRNA可与circNOLC1结合，其中miR-212-5p是唯一一个报道与CRC转移相关的肿瘤抑制因子，其表达水平在CRC细胞系中显著下调。circRIP实验发现circNOLC1和miR‐212‐5p在复合物中特异性富集，与生物素偶联的miRNA pull-down结果一致（图1b-c）。双荧光素酶实验结果也证实二者存在结合（图1d）。进

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ChIRP-MS和RNA pulldown-WB实验，发现AZGP1, DSG1和KRT16证明与circNOLC1存在互作（图1a-c）。因AZGP1在CRC中高表达，且在葡萄糖代谢中发挥重要作用，故将其作为研究对象。RIP实验发现circNOLC1在anti-AZGP1下拉物中显著富集（图1d）。为了确定circNOLC1与AZGP1互作区域，设计circNOLC1缺失突变体，进行RNA pulldown实验，表明circNOLC1的nt 91-150是circNOLC1与AZGP1相互作用必需的（图1e）。 进一步检测发现，circNOLC1仅调控AZGP1蛋白水平，用蛋白酶体抑制剂处理细胞显示MG132显著提高AZGP1

研究表明，SART3与去泛素酶USP15相互作用并促进其核定位从而调节RNA的选择性剪接。因此，研究ABHD11-AS1-SART3对USP15核定位的影响。实验发现USP15在Cr(VI)转化细胞中的核定位增加（图2a）。SART3敲低显著降低其核定位和核水平（图2b）。而ABHD11-AS1过表达增加了USP15的核水平（图2c）。表明ABHD11-AS1和SART3之间的相互作用可能在USP15的核吸收中发挥重要作用。 研究报道显示核内定位的USP15通过与剪接因子相互作用和去泛素化剪接因子来调节RNA的选择性剪接过程。Co

ABHD11-AS1与SART3相互作用已知lncRNA功能机制之一是与RNA结合蛋白(RBPs)相互作用，这些RBP在调节lncRNA的生物学功能中发挥着关键作用。接下来，为了确定ABHD11-AS1促进肺癌发生和进展的潜在机制，进行RNA pulldown-Mass实验（图1a）。5个候选分子的RNA pulldown-WB验证结果显示，SART3在实验组和阴性对照组差异最大（图1b）。SART3敲低显著降低细胞干性（图1c-d），表明ABHD11-AS1与SART3的相互作用可能在肺 癌的发生发展中起重要作用。 全文分享可查阅：【《Environ Int》解

检测发现敲低MYH9同样仅下调SNAIL的蛋白水平（图1a-b）。为了进一步验证MYH9的作用机制，用Biogrid分析候选互作蛋白，发现USP45和SNAIL是MYH9的候选互作蛋白。内源Co‐IP实验分析表明MYH9可分别与USP45、SNAIL和泛素互作，Co-IP实验还发现USP45敲低可改善MYH9对SNAIL的去泛素化和稳定性的影响（图1c-d）。同样MYH9也能改变CHX和MG132处理的SOC细胞中SNAIL的稳定性（图1e）。表明MYH9与USP45、SNAIL和泛素互作，并通过USP45影响SNAIL蛋白的稳定性。 进一步的功能回复实验结果，

《Adv Sci》解读：MYH10与MYH9结合Biogrid分析发现MYH9是MYH10的候选互作蛋白。早期研究已证实MYH9通过调节Wnt/β-catenin通路和EMT信号促进 浆液性卵巢癌（ SOC ）的增殖和转移。外源和内源Co‐IP实验显示MYH10功能域与MYH9互作（图1a-d）。GST pull-down分析也表明MYH10可与MYH9直接结合（图1b）。临床样本分析发现MYH10和MYH9水平正相关，MYH10+/MYH9+共表达是一个独立的预后因素（图1e）。结果表明MYH10与MYH9直接结合。 全文分享请查阅：【《Adv Sci》解读：泛素化机制还可以

展会序言： 畜牧业是关系国计民生的重要产业，是农业农村经济的支柱产业，是保障食物安全和居民生活的战略产业，是农业现代化的标志性产业。为进一步推进西部及全国畜牧业高质量发展，构建畜牧业绿色低碳高质量发展新格局，促进西部地区畜牧业的交流与合作，展示最新科技成果，推动产业转型升级，我们诚挚地邀请您参加即将于2024年11月29-30日在重庆国际博览中心举办的“2024西部畜牧业展览会”。本届畜博会立足西部，辐射全国，预计展

在生物医学领域中的应用 ①临床血细胞分析 近来Ayliffe等人研制出了第一台阻抗计数、光谱分类的细胞芯片分析仪。他们将微流路和微电极组合到芯片上，实现了细胞的分类和计数。尔后许多研究者对此进行了改进，使这一技术日趋完美，不仅可以进行细胞的分类和计数而且还实现了血红蛋白的定量测定。值得一提的是Gaward等研制了一种50px×75px大小的细胞分析芯片。他们利用阻抗法和光学分析技术实现了细胞的分析和颗粒大小的测定。近来美国华盛

为了探索ABLIM1调控IκBα/NF-κB分子机制，使用蛋白合成抑制剂放线菌酮(CHX)评估发现，ABLIM1过表达缩短了内源性IĸBα的半衰期（图2a）。结构域分析发现ABLIM1包含LIM和HP结构域，而LIM结构域蛋白具有与RING和PHD结构域相似的结构，被认为具有E3连接酶活性，靶向核p65。因此，推测ABLIM1可能与IĸBα相互作用，并促进其泛素化和随后的蛋白酶介导的降解。anti-ABLIM1 Co-IP实验发现，ABLIM1与IĸBα相互作用（图2b）。使用anti-IĸBα进行基于泛素的IP分析发现，ABLIM1促进

展会序言： 畜牧业是关系国计民生的重要产业，是农业农村经济的支柱产业，是保障食物安全和居民生活的战略产业，是农业现代化的标志性产业。为进一步推进西部及全国畜牧业高质量发展，构建畜牧业绿色低碳高质量发展新格局，促进西部地区畜牧业的交流与合作，展示最新科技成果，推动产业转型升级，我们诚挚地邀请您参加即将于2024年11月29-30日在重庆国际博览中心举办的“2024西部畜牧业展览会”。本届畜博会立足西部，辐射全国，预计展

乳腺癌就占女性癌症的31%。女性乳腺癌发病率一直在缓慢上升。三阴性乳腺癌（TNBC）恶性程度更高，且无有效治疗，预后差。精氨酸甲基化是一种关键的翻译后修饰（PTM），参与各种细胞过程。然而，关于CARM1在TNBC中的功能知之甚少。 2024年10月，中国医学科学院和首都医科大学基础医学院团队联合在Protein Cell（IF=13.6）上发表了题为“CARM1 drives triple-negative breast cancer progression by coordinating with HIF1A”的研究成果。揭示CARM1在TNBC中癌变的分子基础及其有效

探索HKDC1调控PD-L1表达的机制Anti-Flag-HKDC1 IP-MS分析发现，候选互作分子中STAT1被预测为CD274转录因子（图1a）。然后，IP和GST下拉实验证实HKDC1可与STAT1结合（图1b-c）。同时，细胞实验表明STAT1是HKDC1介导PD-L1转录上调所必需的（图1d）。此外，WB检测发现HKDC1敲除显著减少STAT1的核转位（图1e）。磷酸化的STAT1残基Y701对其核转位和转录调节活性至关重要。WB分析发现HKDC1敲减STAT1-Y701磷酸化水平明显降低，该调控作用不受HKDC1己糖激酶活性的影响（图1f-h）。 结果

HKDC1如何促进STAT1-Y701磷酸化呢？IP分析发现，IFNγ刺激下，敲减HKDC1明显减弱STAT1与IFNγ受体1 (IFNGR1)的相互作用（图1a）。而Co-IP实验表明，IFNγ刺激下，HKDC1和STAT1可以与IFNGR1强相互作用（图1b）。结果表明HKDC1是STAT1募集到IFNGR1所必需的。 已知细胞质内的STAT1被募集到细胞质膜上的IFNGR上，残基Y701磷酸化，然后磷酸化的STAT1被转运到细胞核中启动下游转录。IP-MS数据分析发现HKDC1可能与参与信号转导的细胞骨架蛋白结合。Anti-Flag-HKDC1 Co-IP检测发现，HKDC1与ACTA

颜肤堂是国货嘛？

IP-MS分析，EZH2是多梳抑制复合体2 (PRC2)的功能性酶成分，与长期转录抑制相关。因此，确定EZH2为与Mi-2β蛋白复合物相关的染色质调节蛋白 (图2a)。内、外源性Co-IP表明EZH2和Mi-2β存在相互作用(图2b-c)，而EZH2敲减也显著上调Cxcl9和Cxcl10的水平(图2d)。 之前的研究表明， H3K27me3介导EZH2抑制ISGs的表达。体外证实EZH2沉默后，H3K27me3激活被显著抑制，且H3K27me3激活介导了由Mi-2β/EZH2复合物调控的ISG表达(图2e-g)。进一步ChIP分析证实，Mi-2β沉默后，Cxcl9和Cxcl10启动子区

为了确定Mi-2β如何影响黑色素瘤的免疫反应，进行微阵列分析。富集分析发现，Mi-2β敲除后，IFN-γ信号通路被激活（图1a），IFN-γ应答基因和抗原呈递基因上调（图1b）。IFN-γ在免疫治疗应答中起关键作用。Mi-2β沉默和抗PD-1治疗后Cxcl9和Cxcl10上调（图1c-e）。研究表明Mi-2β富集于基因组转录起始位点，在转录抑制中起重要作用。为了研究Mi-2β抑制IFN-γ信号的分子机制，进行ATAC-seq（染色质可及性），发现基因座内ATAC-seq峰的变化与IFN-γ信号相关（图1f）。