清时，广东商人造船需禀报海关，给予红单以备稽查，故所造船名“红单船”。这种船体大坚实，行驶快速，每艘可安炮二三十门。后来，广东官员雇募它们用于海防。在太平天国时期，清政府把红单船武装调至长江流域镇压太平天国运动，起到了巨大的作用，有效地打击了太平军有生力量，为全面覆灭太平天国，恢复社会安定立下汗马功劳。
咸丰二年（1852年）十二月，钦差大臣向荣奏请调广东水师镇压太平军，清廷命他飞咨两广总督叶名听候调拨。
孙瑞珍奏请雇觅广东红单船赶江南向荣军营攻剿，称红单船俱出顺德陈村等处，以贩油为业，往来吕宋、暹罗诸国，船只之快速，炮火之精锐，点发之娴熟，较之额设师船得力不啻数倍。所有舵工、水手皆父子兄弟，一遇敌皆合力向前，无推诿溃散之虞。船大者约计水手60余人，次亦四五十人或30余人。清廷即谕叶名琛、柏贵迅将所雇红单船配带炮、药派黄开广带领速由海入江，听候调遣攻击。又命叶名琛饬候补道伍崇曜雇觅火轮船只为攻剿太平军之用。伍崇曜，又名伍绍荣，原名元薇，字紫垣，广东南海人。其祖父伍国莹于1784年（乾隆四十九年）创设了广州十三行之一的怡和行。父伍秉鉴，以敦元为商名报册承充，行务大有起色，跃居十三行行首。因乳名亚浩，外国人呼为浩官。按当时行商子沿父名惯例，伍崇曜对外仍称伍浩官。
当时，伍崇曜正卧病在床，得到通知后，即派亲信与英国代办领事官巴夏礼、英国公使文翰，美国副公使伯驾、公使马沙利等商雇外国兵船。因为密迪乐已在天京，与太平天国有两不相犯之约，故没有结果。叶名琛又命署顺德知县马映阶至陈村雇募红单船大号船8艘，中号船12艘，配足弁兵、炮械、火药、铅丸，由署香山协都司陈国泰管带，于五月二十一日起程，开往江南。并打算再雇多艘，由署海安营游击吴全美管带，陆续起程。所有船价、口粮并添配弁兵一切，即在部拨江南军需粤海关税项下动支。
陈国泰，广东新安人，出身武生。吴全美，字碧山，广东顺德人，后任福建水师提督。

在太平县，吴全美击毁太平军船百余艘，俘太平军30余人。八月，吴全美等在浦口截击太平军运粮船队，击沉太平军船十数艘，太平军水兵总制谭龙才等被俘。向荣对吴全美大加奖赏。扬州大营单衔檄调，吴全美不禀请向荣示遵，即带船折回浦口。向荣认为吴全美意存退缩，上奏清廷，表示极大不满。
九月，太平军运粮船队由天京下关出发下驶，吴全美等再次截击，前后三日内，击毁太平军大小船30余艘。十月，陈国泰等截击太平军船簰于泗源沟、李家沟，俘船簰2艘，得铜炮、铁炮18尊，白米、黄豆900余石，太平军春官正丞相黄起芳等阵亡。吴全美等攻毁九洑洲太平军营盘。十一月，清廷寄谕托明阿、向荣等，命吴全美即率水师上驰芜湖会剿。向荣因吴全美与叶常春意见不合，互相猜疑，令副将李德麟与叶常春彼此对调，以便与吴全美会合上攻。十二月，吴全美等在下关江面击沉太平军大船2艘，小船十数只。红单船也被打穿几艘。五年正月，吴全美等在下关击沉太平军船7艘，红单船亦被击损7艘。二月，吴全美等又在七里洲与太平军作战，烧毁买卖街。烧毁太平军船排三排。
三月，升任总兵的吴全美等在下关一带与太平军鏖战多时，斩断拦江铁索2道，击沉、焚毁太平军船三百数十艘。红单船被击沉1艘、击伤多艘。红单船队上驶至三山营一带，连日与太平军作战，击沉太平军船数十艘，烧毁太平军船厂1座。吴全美对向荣表示，红单船每年须修艌一二次，自上年春天由广东驶来，年余未经油艌，船身多为大炮震裂，恐日久渗漏，且仅止40余艘，为数较少，不可不早筹办。向荣奏称上年广东续调之拖古船30余艘，红单船20艘，派令碣石镇总兵谢焜统带，早经奏报起程，迄今未到，请督催赶紧来江助剿。
吴全美等再与太平军战于三山江面，焚毁太平军船200余艘，缴获25艘，炮85门，火药4000余斤，炮弹3000余发。太平军先锋陈长顺等被俘杀。红单船被击沉1艘。经向荣奏准，将吴全美、李德麟交部从优议叙。四月，吴全美等又在上三山与太平军作战，烧沉太平军船不下200艘，夺获16艘，得谷米40余石、大炮1门，攻陷炮台3座。吴全美等配合翼长总兵德安指挥之陆军与太平军作战于三山，焚破太平军营垒3座，毁炮台7座、军卡10余处，击沉船七八十艘，夺获船只22艘、大小炮35门。太平军阵亡约三千人，遂退往大胜关。吴全美探知铜井太平军扎造木簰，堆集芦柴引火之物，遂派40余艘战船至铜井，将木簰7只及芦柴尽行炸沉焚毁。
五月，在上河口江面击沉太平军船6艘。焚毁木焜5只，烧大粮船2艘，夺获1艘。太平军划船数十艘、大船20艘由天京运粮下驶至浦口，总兵叶常春令赖镇海等截击，划船被击沉数艘、烧毁多艘，毁大船3艘、击沉2艘、夺获1艘。六月，吴全美、李德麟所部配合陆军明安泰、德安等部，连日与太平军作战，击沉太平军船数百艘，攻陷太平县及芜湖，太平军阵亡1万余人。七月，水师总兵陈国泰配合托明阿部等陆军进攻瓜洲。守备赖镇海等在下关击沉太平军船只多艘、夺获3艘，得米粮30余石，获大炮4尊。
八月，吴全美部配合其他清军攻破芜湖外援太平军营垒11座，击沉太平军船20余艘，夺获米、豆、弹药、火器船11艘，太平军阵亡1000余人。九月，攻破弋矶、广福矶太平军营垒7座。又连日与太平军作战，攻破营垒多座。李德麟等在荻港击沉太平军船十数艘，夺获4艘。太平军指挥黄心田等被俘杀。金门镇总兵陈国泰助江苏巡抚吉尔杭阿进攻镇江。十月，太平军自安庆增援芜湖，被吴全美等击沉船10余艘，夺去大木簰1只、大粮船1艘、稻谷200余石、枪炮等20余件。此役太平军的将领为检点赖桂英。吴全美还指挥把总郭定猷等炮击柳林太平军米粮、火药仓库1所，拦江夺获小划7只、大竹簰1只。太平军总制廖述祖被擒杀。

李德麟在繁昌旧县江面击沉太平军船10余艘，夺获2艘。十一月，吴全美派把总郭定猷拦江，在芜湖江面击沉太平军船2艘，夺获1艘，太平天国承宣邱广升阵亡。陈国泰在镇江江面夺获太平军木筏1只、焚毁1只，并夺获江船多艘。吉尔杭阿认为陈国泰此仗代价甚小，赏银四百两。李德麟带领红单船在芜湖神塘河击沉太平军船30余艘，太平军检点赵元发等被俘杀。吴全美在裕溪口击沉太平军运粮船2艘。十二月，吴全美、李德麟在荻港击毁太平军船数十艘，将军王纪兴等被俘杀。又在刘家渡江面夺太平军船30艘、军器200余件。
叶名琛奏报，又雇得红单船37艘，派参将李新明带队从广东出发，开往江南。在这一年，由于东莞县绅士捐输红单船经费，清政府决定将东莞县科举考试的学额永远加两个名额，以示鼓励。可见雇用红单船的经费并非由清政府支出，也不仅是由伍崇曜捐输，同时还有广东各县绅士的捐输。
咸丰六年正月，吴全美部在东、西梁山江面击沉太平军船数艘，焚毁运粮船十余艘，夺获2艘。二月，又在裕溪口、四合洲及东、西梁山等处与太平军作战，攻击太平军营垒。陈国泰等在镇江江面击沉太平军划船。吴全美、李德麟等又在大通江面击沉太平军船20余艘，夺获10余艘。三月，燕王秦日纲等克扬州。清廷将托明阿等革职查办，以正白旗汉军副都统德兴阿为钦差大臣，詹事府少詹事翁同书帮办军务。秦日纲部西进，德兴阿等陷扬州。吴全美部在裕溪口击沉太平军船5艘，太平军将军陈玉金等被俘杀。广东续雇之红单船27艘，由游击李新明、都司黄彬带领先后驶抵焦山。黄彬，广东顺德人，行伍出身。
四月，秦日纲等败清军于镇江烟墩山，江苏巡抚吉尔杭阿死亡。太平军克芜湖。吴全美部连日与太平军作战之后，奉命撤至江宁镇一带。五月，翼王石达开、燕王秦日纲等率军大破江南大营。向荣等退往丹阳。六月，参将李新明在六合东沟一带击沉太平军船多艘，太平军阵亡100余人。七月，向荣死于丹阳。清廷以江南提督和春为钦差大臣，督办江南军务。陈国泰、黄彬等配合陆军进攻瓜洲，击沉太平军船数艘，攻陷炮台数座。李新明等在六合东沟江面夺获太平军船2艘，击毁岸上土垒2座。
十月，安徽巡抚福济奏称克复和州，驰援桐城，李德麟部仅有红单船、快蟹船14艘，上下游不能兼顾。吴全美部红单船40余艘停泊芜湖鲁港，请饬红单船协剿。清廷命和春、德兴阿即饬吴全美部听候福济调遣。太平军大木排4架，中裹船只，随大小船数十艘渡江围攻土桥水营，被陈国泰打退。十一月，湖北巡抚胡林翼等陷武汉。陈国泰派兵登岸助攻瓜洲，夺获大炮2尊、火枪4杆，太平军阵亡百余人。十二月，叶常春等在天京七里洲江面击沉太平军船数艘，焚毁六七艘，夺获船2艘、大炮4尊，药弹数百斤。陈国泰、赖镇海等配合陆军进攻瓜洲。吴全美等在芜湖江面进攻太平军运草船、岸上石垒，垒内火药延烧，军械焚毁一空，太平军死伤不计其数。

咸丰七年正月，吴全美指挥郭定猷等击沉太平军船10余艘，夺获6艘，攻陷双港，太平军阵亡四五百人。二月至四月，陈国泰等配合陆军进攻瓜洲。叶常春等在七里洲江面击沉太平军船十数艘，夺获一艘。攻破九洑洲太平军营垒4座。五月，陈国泰部红单船户捐造火船20艘，向瓜洲大口突入焚烧，从高资来的太平军米船13艘被烧毁，检点覃沅发被烧死，太平军阵亡300余人。李新明等在石埠桥登岸，烧太平军营卡数处，太平军阵亡数十人。闰五月，李新明等在石埠桥南岸与太平军作战，太平军阵亡数十人。六月，吴全美部在芜湖泥汊焚毁太平军大簰数座，击沉炮划数只，夺获炮划4只，太平军阵亡百余人。七月，吴部击沉炮划甚多，夺获十余只，太平军阵亡四五百人。检点张大来等被俘杀。守备赖镇海等配合张国梁部陆军进攻高资、鲇鱼套，轰倒炮台数座，击沉炮划数只。陈国泰等在瓜洲击毁太平军大粮船1艘。八月，又击沉小船2艘。九月，参将黄彬等在浦口观音门和天京下关、九洑洲、七里洲江面屡与太平军作战，击沉大楼船数艘、大炮船1艘、船划数只，夺船2艘。十月，赖镇海等继续攻击鲇鱼套太平军。
十一月，陈国泰等配合陆军攻陷瓜洲，击沉太平军大船数艘、划船多只，夺船30余艘、大炮26尊、炮子40余石、火药20余石。黄彬等击沉太平军船2艘，夺获2艘，得米20余石、炮2尊、火药300余斤、炮弹500余斤。攻破燕子矶营垒一座，将领陈恩书阵亡。李新明等夺获划船4只、火药200余斤、炮弹340颗、大炮3尊、抬炮42尊、米十余石，攻破石埠桥营垒1座。赖镇海等焚毁太平军船数艘，夺获大船4艘、划船8只、铜炮18尊，攻破鲇鱼套营垒多座。十二月，陈国泰等进攻七里洲、下关、九洑洲一带，击毁太平军营卡、望楼数处，太平军伤亡甚多。都司赖镇海等在七里洲江面击沉太平军木簰2只、船数艘，太平军阵亡数百人。咸丰八年正月，陈国泰、赖镇海等在七里洲、下关江面击沉太平军船数艘，太平军阵亡者为数不少。三月，游击赖镇海配合陆军在天京上关、双闸口、下关等处与太平军作战，击沉太平军船数艘，击毁太平军营卡、望楼多处。五月，官文奏称九江克复，杨载福可直达安庆，会合芜湖红单船并力东征，“闻红单炮船诚属利器，足以制敌，其将弁中必多好手。惟船身笨重，不如长龙、舢板进退攻击风帆便捷。其水勇闻亦性情难驯，应请密饬带兵大员与杨载福和衷共济，合为一体，相机妥办”。

和春奏称李德麟部在二三月间于铜陵江面击沉太平军船50余艘、夺获15艘，攻陷繁昌。四月间，又攻陷太平军土桥营垒，太平军阵亡一千六七百人。五月，太平军进攻鲁港，被吴全美部击败。李德麟部攻陷太平军神塘河营垒，太平军阵亡六七百人。李部获炮11尊，火箭、喷筒200余枝，子药3000余斤，米40余石。赖镇海等在下关江面夺获太平军船1艘，炮械多件。六月，赖部又夺获船1艘，太平军阵亡百余人。浙江温州镇总兵吴全美和杨载福一起至芜湖察看形势。赖镇海等在双闸口、金柱关、寿德洲江面击沉太平军船6艘，夺获20余艘。七月，赖镇海等配合陆军进攻临江、新城太平军营垒。陈国泰、黄彬、李新明等击沉太平军船十余艘，夺获划船4只，击毁九洑洲营垒多处。八月，前军主将陈玉成、后军主将李秀成等再破钦差大臣德兴阿大营，德兴阿退走扬州。太平军进攻陈国泰水营，船被击沉数只，退去。九月，李秀成克扬州，不久被张国梁夺去。十月，吴全美部在芜湖击沉太平军船十余艘，焚毁更楼3座、营卡2座、峨桥营垒1座。
英国公使额尔金带5艘轮船至天京下关，红单船摆开阵势，呈与轮船会攻太平军态势。太平军开炮轰击轮船，轮船还击，约一时许，轮船齐泊上关。次日，又回下关，与红单船一起轰击太平军营垒，约两时许。太平军未还击。英国轮船驶往上游而去。十一月，吴全美部与陆军配合在芜湖鲁港一带攻陷太平军营垒多处。十二月，李德麟部在桐城六百尺江面击沉太平军船20余艘。咸丰九年正月，吴全美部在芜湖江面夺获太平军船3艘，太平军阵亡百余人。镇守江浦的太平军答天豫薛之元降清，太平军出师讨伐。和春派赖镇海救援解围，李昭寿入城受降。二月，钦差大臣、蒙古都统德兴阿被革职。江北军务由和春节制，以宁古塔副都统富明阿帮办军务。五月，浙江定海镇总兵李德麟部在无为泥口击沉太平军划船20余只，夺获7只。攻破毛坦等处太平军营垒多座，太平军阵亡四五百人，损失弹药500余斤，米麦40余石。吴全美部在陈家洲与太平军作战，击沉太平军划船4只。红单船5艘被击损。六月，吴全美部在鲁港击沉太平军划船2只。七月，赖镇海等在三山、乌江一带击沉、夺获太平军船多艘，获米粮一千数百石。陈国泰部在浦口击毁太平军卡楼数座。吴全美等在三山江面击沉太平军船10余艘，夺获3艘。
八月，赖镇海等在和州江面夺获太平军船4艘、稻谷200余石、盐40余石。九月，吴全美部攻破芜湖横山、峨桥等地的太平军营垒。李德麟部在大通江面击沉太平军船10余艘，夺获3艘，炮3尊。太平军信天福钟廷才等被俘杀。十月，水师游击赖镇海等在东西梁山击沉太平军船10艘，毁兵卡1座。李德麟部接收太平天国北王韦昌辉弟弟韦志俊的叛变。十一月，水师游击郭定猷等在和州攻破太平军营卡两座。十二月，又在金柱关击沉太平军船多艘，夺获16艘。咸丰十年正月，陈国泰、黄彬、赖镇海、郭定猷、李新明等配合陆军攻陷九洑洲。太平军阵亡1000余人，损失大炮数十尊。清廷赏给黄彬、赖镇海、郭定猷勇号，李新明升副将，加总兵衔。天京再次被围困，洪秀全召上游太平军来救。二月，陈国泰等配合陆军攻陷上关、下关营垒多座，捕获船只六七十艘，大炮一百数十尊，秦礼国等太平军投降者5000余人。闰三月，忠王李秀成、英王陈玉成等大破江南大营，张国梁死于丹阳。吴全美率部破芜湖对岸营垒，太平军守将陈芸桂投降。四月，和春死于无锡。清廷命荆州将军都兴阿督办江北军务；命福建提督李若珠严防江面，勿使太平军北渡；又以曾国藩署两江总督。李若珠奏准将吴全美部船200余艘调驻狼山、福山。陈国泰等在东沟击沉太平军船3艘，夺获快划3只、大炮2尊。

同治二年正月，都兴阿奏称各帮师船亟应裁撤，而欠饷甚多，红单船船价、勇粮有欠至二十余月、三十余月者，既裁撤，必应补给，旧欠应由粮台造册，咨交两广总督补发，并先由江苏巡抚筹给一月口粮作为盘缠回粤。拟派参将李新明督同广东师船回粤。请派总兵陈国泰统带回粤。清廷准行。三月，护王陈坤书率部自天京七里洲北渡，被吴全美等所败。四月，李鸿章在给曾国藩的信中写道：“奉旨饬查大江水师一案……缘吴全美接统后江面渐觉肃静，郭定猷、张瀚等现仍分防，未便追究既往。泊镇年老勒休，似亦可塞众望。江防吃重之时，无船可替，既用其人，不得不量从末减。且水师借口饷缺，营规实难深求。”
五月，湘军水师陷九洑洲，太平军守军2万人阵亡。八月，都兴阿、富明阿奏称：“总兵吴全美自军兴以来，久带水师，转战江南、江北，叠著战功，营规整肃，大小将弁，无不畏服……联络调度一切均合机宜。”同治三年四月，清廷调都兴阿为西安将军，以富明阿为江宁将军。富明阿奏称：“江防各帮师船随征十余年，身经百余战，巡防堵截，力保完善……师船一律议裁，似与凯旋无异，可否由臣择尤请奖以示鼓励之处，出自鸿慈。”清廷命“著照所议办理”。五月，以吴全美为福建水师提督。
六月，曾国荃攻陷天京，太平天国政权结束。七月，富明阿奏称：金陵克复，红单船二十五只，作为头批，令提督赖镇海管带回粤。二批派副将林宜华管带回粤。三批统由提督吴全美统带回粤。八月，富明阿奏称：吴全美禀：红单船自咸丰三四年间先后奉调出师，由粤而闽而江，十有余年，转战三省，兹幸金陵克复，各船遣散，官弁兵勇，共庆生还，而追念死事诸人，未忍听其湮没，拟捐资在广东顺德建立忠义祠，历年伤亡官兵均准入祀。清廷同意。
十二月，清廷因徐宗干奏请，命福建水师提督吴全美迅速赴任。吴全美请假三个月回籍修墓。清廷准许。同治四年四月，闽浙总督左宗棠命吴全美速带所雇红单船20艘、拖罾船20艘驶赴铜山，阻截侍王李世贤部出海。闰五月，李世贤部失败，左宗棠派吴全美部巡海。五年五月，吴全美因病开缺。光绪八年（1882年），吴全美督建鹅颈炮台，命名定洋。又修复沙角炮台，抵抗法国侵略。光绪十一年,吴病逝于任上。