在太平县，吴全美击毁太平军船百余艘，俘太平军30余人。八月，吴全美等在浦口截击太平军运粮船队，击沉太平军船十数艘，太平军水兵总制谭龙才等被俘。向荣对吴全美大加奖赏。扬州大营单衔檄调，吴全美不禀请向荣示遵，即带船折回浦口。向荣认为吴全美意存退缩，上奏清廷，表示极大不满。
九月，太平军运粮船队由天京下关出发下驶，吴全美等再次截击，前后三日内，击毁太平军大小船30余艘。十月，陈国泰等截击太平军船簰于泗源沟、李家沟，俘船簰2艘，得铜炮、铁炮18尊，白米、黄豆900余石，太平军春官正丞相黄起芳等阵亡。吴全美等攻毁九洑洲太平军营盘。十一月，清廷寄谕托明阿、向荣等，命吴全美即率水师上驰芜湖会剿。向荣因吴全美与叶常春意见不合，互相猜疑，令副将李德麟与叶常春彼此对调，以便与吴全美会合上攻。十二月，吴全美等在下关江面击沉太平军大船2艘，小船十数只。红单船也被打穿几艘。五年正月，吴全美等在下关击沉太平军船7艘，红单船亦被击损7艘。二月，吴全美等又在七里洲与太平军作战，烧毁买卖街。烧毁太平军船排三排。
三月，升任总兵的吴全美等在下关一带与太平军鏖战多时，斩断拦江铁索2道，击沉、焚毁太平军船三百数十艘。红单船被击沉1艘、击伤多艘。红单船队上驶至三山营一带，连日与太平军作战，击沉太平军船数十艘，烧毁太平军船厂1座。吴全美对向荣表示，红单船每年须修艌一二次，自上年春天由广东驶来，年余未经油艌，船身多为大炮震裂，恐日久渗漏，且仅止40余艘，为数较少，不可不早筹办。向荣奏称上年广东续调之拖古船30余艘，红单船20艘，派令碣石镇总兵谢焜统带，早经奏报起程，迄今未到，请督催赶紧来江助剿。
吴全美等再与太平军战于三山江面，焚毁太平军船200余艘，缴获25艘，炮85门，火药4000余斤，炮弹3000余发。太平军先锋陈长顺等被俘杀。红单船被击沉1艘。经向荣奏准，将吴全美、李德麟交部从优议叙。四月，吴全美等又在上三山与太平军作战，烧沉太平军船不下200艘，夺获16艘，得谷米40余石、大炮1门，攻陷炮台3座。吴全美等配合翼长总兵德安指挥之陆军与太平军作战于三山，焚破太平军营垒3座，毁炮台7座、军卡10余处，击沉船七八十艘，夺获船只22艘、大小炮35门。太平军阵亡约三千人，遂退往大胜关。吴全美探知铜井太平军扎造木簰，堆集芦柴引火之物，遂派40余艘战船至铜井，将木簰7只及芦柴尽行炸沉焚毁。
五月，在上河口江面击沉太平军船6艘。焚毁木焜5只，烧大粮船2艘，夺获1艘。太平军划船数十艘、大船20艘由天京运粮下驶至浦口，总兵叶常春令赖镇海等截击，划船被击沉数艘、烧毁多艘，毁大船3艘、击沉2艘、夺获1艘。六月，吴全美、李德麟所部配合陆军明安泰、德安等部，连日与太平军作战，击沉太平军船数百艘，攻陷太平县及芜湖，太平军阵亡1万余人。七月，水师总兵陈国泰配合托明阿部等陆军进攻瓜洲。守备赖镇海等在下关击沉太平军船只多艘、夺获3艘，得米粮30余石，获大炮4尊。
八月，吴全美部配合其他清军攻破芜湖外援太平军营垒11座，击沉太平军船20余艘，夺获米、豆、弹药、火器船11艘，太平军阵亡1000余人。九月，攻破弋矶、广福矶太平军营垒7座。又连日与太平军作战，攻破营垒多座。李德麟等在荻港击沉太平军船十数艘，夺获4艘。太平军指挥黄心田等被俘杀。金门镇总兵陈国泰助江苏巡抚吉尔杭阿进攻镇江。十月，太平军自安庆增援芜湖，被吴全美等击沉船10余艘，夺去大木簰1只、大粮船1艘、稻谷200余石、枪炮等20余件。此役太平军的将领为检点赖桂英。吴全美还指挥把总郭定猷等炮击柳林太平军米粮、火药仓库1所，拦江夺获小划7只、大竹簰1只。太平军总制廖述祖被擒杀。